Таким образом, первые попытки проповедников в деле организации церкви увенчались блестящим успехом. Совет продолжает с редкою предупредительностью исполнять их требования – и скоро молодой французский проповедник, скрывавшийся первое время за авторитетом Фареля, все более и более выступает на первый план. Поддерживаемый некоторыми французскими эмигрантами, искавшими убежища в Женеве и горячо преданными делу реформации, Кальвин обнаруживает неутомимую деятельность. Многочисленные проповеди, религиозное обучение детей и взрослых, строгий надзор за нравственностью жителей быстро подвигают дело реформации. Часто проповедники являются в залу заседаний совета, произносят длинные, увещательные речи, и совет под их влиянием все более усиливает свои строгости. В протоколах совета мы находим целый ряд самых строгих взыскании за сравнительно незначительные проступки. Так, например, азартный игрок выставляется у позорного столба с картами, привязанными к шее. Молодая женщина, явившаяся в церковь с завитыми по-модному волосами, присуждается к тюремному заключению на несколько дней, а вместе с ней и парикмахерша, убиравшая ее голову. Запрещается всякая роскошь в костюмах, шумные публичные увеселения, танцы, употребление непристойных выражений, божба и т.п. Мало-помалу город терял свой обычный вид, вместо прежней шумной веселости в нем водворялась почти монастырская тишина. В деле наказаний закон не делал почти никаких исключений – богатые и бедные одинаково должны были ему подчиняться. Это обстоятельство первое время даже доставляло проповедникам известную популярность в простом народе. Особенной беспощадностью они отличались в преследовании остатков католического культа. Всякий, кто сохранял у себя дома какую-нибудь икону, четки или другую принадлежность старого культа, считался богоотступником и подвергался жестоким наказаниям.
Но в конце концов эта чрезмерная строгость только повредила делу. Мало-помалу народ стал тяготиться суровым деспотизмом своих духовных пастырей. Уже в 1537 году на женевском горизонте показались первые предвестники собирающейся бури.
В марте 1537 года в Женеве появились два проповедника-анабаптиста. Благодаря мистическому характеру своего учения, соединенному со строго нравственной жизнью, сектанты эти всюду имели успех – в Женеве вокруг них стали также собираться многочисленные слушатели. Фарель решился вступить с ними в открытое состязание. Диспут продолжался несколько дней, но совет, замечая впечатление, которое речи анабаптистов производили на слушателей, поспешил прекратить его и под страхом смертной казни приказал им оставить город. Тем не менее, впечатление этот случай произвел сильное, и еще несколько месяцев спустя Фарель и Кальвин жаловались совету на то, что в городе немало тайных приверженцев этого опасного учения.