Еще сильнее авторитет Кальвина был поколеблен вследствие нападения другого, евангелического же проповедника Кароли, который обвинил его в арианизме, то есть в непризнании Св. Троицы. Обвинение это страшно потрясло Кальвина – он не допускал даже мысли, что его могут заподозрить в ереси. Он потребовал созвания синода и с необыкновенной страстностью напал на своего противника, уличил его самого в безнравственности и безверии, затем решительно опроверг обвинение. И синод в Лозанне, и бернский совет выдали ему формальное удостоверение его правоверности. Тем не менее, Кальвин еще долго не мог успокоиться, считая оскорблением даже само возбуждение вопроса о чистоте своего учения.
Но все эти неприятности были только прелюдией к той серьезной борьбе, которая скоро завязалась между проповедниками и самим народом.
Несмотря на первые успехи организаторской деятельности Кальвина, на предупредительность, с которой совет принимал и приводил в исполнение его требования, в среде населения новые меры встречали большое неудовольствие. Женевские патриоты чувствовали себя оскорбленными повелительным тоном “иностранцев” и тем предпочтением, которое они оказывали во всем своим соотечественникам. Скоро оказалось, что первые успехи проповедников вовсе не были так значительны: многие граждане отказались присягнуть новой формуле веры. Эта присяга, столь несогласная с принципом свободы совести, казалась многим женевцам, еще накануне проливавшим свою кровь за свободу, началом нового порабощения. Побуждаемый проповедниками, совет повторяет свое требование присяги под страхом изгнания, но и эта угроза остается без последствий, и когда наконец 12 ноября совет постановляет изгнать всех непокорных, то этих непокорных оказывается так много, что угроза так и остается угрозой.
Но Кальвин и Фарель и не думают обращать внимания на эти красноречивые признаки усиливающейся оппозиции. Успехи первой поры вскружили им голову. Они уверены, что при настойчивости добьются в конце концов своей цели, продолжают по-прежнему требовать поголовной присяги и введения церковного отлучения. В горячих проповедях они осыпают своих противников самой неумеренной бранью. Особенной страстностью отличался один из проповедников, Коро, который однажды с кафедры осыпал своих слушателей такими неприличными ругательствами, что совет, уступая народному негодованию, должен был подвергнуть его тюремному заключению. Разрыв становился, таким образом, все глубже. Недовольные собирались в кабачках, ругая проповедников и их приверженцев, обвиняя их в тирании; носились даже слухи об их изменнических сношениях с французским королем. Часто, сидя в своей рабочей комнате, Кальвин слышал с улицы грозные народные клики: “В Рону проповедников!” Только благодаря заступничеству совета последние продолжали еще держаться некоторое время. Но тут подвернулось одно обстоятельство, которым оппозиционная партия не замедлила воспользоваться. Это был вопрос о “бернских обычаях”.