Что Меншиков в первое время не питал никаких злокозненных замыслов против царевича, не сеял раздора между ним и отцом, можно видеть и из того, что Петр до смерти кронпринцессы Шарлотты был сравнительно доволен сыном, брал его с собой в походы, поручал ему разные дела. Сам брак его с этой принцессой, устроенный клевретом князя, бароном Гюйсеном, говорит в пользу Меншикова. Если бы у последнего, находившегося тогда (царевич женился в 1711 году, а помолвка состоялась годом раньше) в апогее своего могущества, действительно было тайное намерение отстранить Алексея и его потомство от престолонаследия в пользу детей Екатерины, то он, конечно, воспользовался бы своим влиянием на царя и не допустил бы этого брака с сестрой германского императора, упрочившего положение царевича.
Другое дело потом, когда последствия небрежного воспитания стали бросаться в глаза, когда царь мало-помалу и сам пришел к печальному убеждению, что его преемник не пойдет по его стопам, у такого человека, как Петр, не привыкшего останавливаться перед какими бы то ни было препятствиями, подобное сознание должно было рано или поздно, после более или менее тяжелой внутренней борьбы, привести к сознательному и несокрушимому решению устранить сына. Тем легче было прийти к той же мысли человеку постороннему. Понятно, что Меншиков не стал отклонять царя от принятого им решения; по всей вероятности, он даже делал все возможное, чтобы утвердить его в этом решении. Но при тогдашнем положении князя, далеко уже не пользовавшегося прежним влиянием и доверием, при самой щекотливости этого дела, его участие в последних событиях вряд ли было особенно активное. Как справедливо замечает Соловьев, “посторонним людям, которым выгодно было отстранение Алексея, не нужно и опасно было, пытаться укреплять эту мысль, ибо укрепление шло необходимо, само собой; надобно было только оставить дело его естественному течению, вмешательством можно было только повредить себе, ибо Петр, по своей проницательности, мог сейчас угадать, что другие делают тут свое дело. Если мачеха считала выгодным для себя отстранение пасынка, то она должна была всего более стараться скрывать свои чувства и желания пред мужем и другими...” Соловьев высказывает эти соображения по отношению к Екатерине, но они в такой же точно степени применимы и к Меншикову.
Как бы то ни было, смерть царевича избавила князя от большой заботы. Отношения его с царем также улучшились. В 1719 году он был назначен президентом новоучрежденной военной коллегии с чином контр-адмирала белого флага. Правда, тут же была назначена новая комиссия для расследования злоупотреблений его, Апраксина и Долгорукова. Сенат, пользуясь отсутствием государя, повелел, чтобы князь и Апраксин отдали свои шпаги и ждали дальнейших приказаний. Но дело, по обыкновению, кончилось только штрафом (в 100 тысяч рублей). Любопытно, что в то самое время, когда Меншикова хотели посадить под стражу (его спасло только ходатайство Екатерины, просившей сенат дождаться приезда государя), сам Петр, посетив устроенные Меншиковым Петровские заводы и найдя их в образцовом порядке, написал князю самое задушевное благодарственное письмо.