Князь Андрей Иванович Шуйский был отправлен в Каргополь, где через полгода скончался при невыясненных обстоятельствах. Естественно, и его смерть приписали козням Бориса.
В города Галич и Шую были сосланы братья Василий, Дмитрий, Александр и Иван Ивановичи Шуйские. Опалы непосредственно не затронули В.Ф. Скопина-Шуйского, который находился «на жаловании в Каргополе» и не принимал участия в мятеже 1586 года.
По отдаленным городам были разосланы и сторонники Шуйских. Так, князя И.А. Татева сослали в Астрахань, И.Ф. Крюк-Колычева – в Нижний Новгород и т.д. На время из столицы был удален и свояк Шуйских князь Д.А. Ногтев-Суз-дальский. Его ссылка была почетной – он стал воеводой в Свияжске.
Сторонник Шуйских боярин Ф.В. Шереметев не подвергся опале вместе с Шуйскими и сохранил боярский чин. Но в
1589—1590 гг., видимо, не без связи с делом Шуйских, он был вынужден постричься в монахи.
Разгромив клан Шуйских, Борис дал ясно понять князьям Рюриковичам, что им и их сторонникам нечего и мечтать о престоле.
Управление Россией из коллегиального, как это было в 1584—1585 гг., постепенно переходит в единоличное правление Бориса Годунова. Естественно, это сказывается и на богатстве рода Годуновых. В 1584—1586 гг. царь Федор жалует Борису и его родне десять вотчин. Отметим лишь пожалование в 1586 г. Бориса большой северной волостью Вага.
Англичанин Горсей писал в 1589 г., что годовой доход Годуновых составляет 175 тысяч рублей, и они могли выставить в поле сто тысяч воинов. Цифры эти несколько преувеличены, но они показывают по крайней мере порядок богатства Годуновых.
Еще в 1586 г. Борису Годунову пришла в голову мысль учредить патриаршество на Руси. Не будем спорить, чего больше хотел достичь Борис – величия России или усиления своей власти. С началом царствования Федора Борис не разделяет свои интересы с интересами России. Позднейшие историки, в значительной своей части настроенные враждебно к Годунову, не найдут ни одного поступка боярина, а затем и царя Бориса, совершенного в личных целях и шедшего вразрез с интересами государства.
Как известно, Русь приняла крещение от Византии. Главой православной церкви был константинопольский патриарх. Русская митрополия первые три века своего существования рассматривалась в Константинополе как второстепенная периферийная епархия. Флорентийская уния 1438 г. (попытка объединения с католиками) и взятие в 1453 г. Константинополя турками необратимо подорвали авторитет константинопольского патриарха. Одновременно Московское княжество стало мощным государством. Греческая церковь превратилась в иждивенку Москвы. В такой ситуации вполне понятно желание Москвы иметь своего патриарха рядом с единственным тогда православным государем – царем всея Руси.