С учреждением патриаршества в Москве надо было спешить, так как польский канцлер Ян Замойский уже поднимал вопрос с константинопольским патриархом о переносе патриаршеского престола в Киев. Вспомним, что к началу XVII века чуть ли не две трети бывшей Киевской Руси с православным населением находилось в составе Речи Посполи-той. Учреждение патриархии в Москве было не только задумано, но и лично исполнено Борисом Годуновым. В «черновой» работе ему помогали дьяки братья Андрей и Василий Щелкаловы. Боярская дума и московский клир в этой трагикомедии выполняли лишь роль статистов. В 1588 г. константинопольский патриарх Иеремия прибыл в Москву по приглашению Бориса. Кстати, это был первый визит константинопольского патриарха на Русь. Переговоры с патриархом затянулись более чем на полгода и велись исключительно Борисом и Щелкаловыми. Хитрый грек приехал в Москву за щедрыми субсидиями, а о Московском патриаршестве поначалу и слышать не хотел. Казалось бы, ситуация безнадежная, так как учреждение патриаршества без согласия главы православной церкви могло привести к расколу и смуте на Руси. Борис буквально шел по лезвию бритвы. Им был подкуплен один из спутников Иеремии архиепископ элассонский Арсений. После очередных безрезультатных переговоров Иеремия в присутствии Арсения ляпнул, что патриарха в Москве он ни за что не поставит, а в крайнем случае сам готов остаться в Москве патриархом. Арсений немедленно сообщил об этом Борису. Естественно, такой блестящий дипломат не упустил свой шанс. Московские приставы, охранявшие патриарха, начали просить его стать патриархом в Москве. Вроде бы по секрету передавали, что царь и бояре только и мечтают видеть Иеремию в Москве. Лесть вскружила голову Иеремии, и он, не дожидаясь официального предложения, публично согласился учредить в Москве патриархию и самому стать во главе ее. Патриарх попал в ловушку Бориса. Царь Федор прислал официальную грамоту: «Будет похочет быти в нашем государстве цареградский патриарх Иеремия, и ему быти патриархом в начальном месте во Володимире, а на Москве бы митрополиту по-прежнему; а не похочет… быти в Володимире, ино на Москве учинити патриарха из московского собору».
Грек быстро навел справки и выяснил, что к тому времени Владимир стал захолустным городком. Иеремия категорически отказался. Борис и Щелкаловы поочередно вели задушевные беседы с патриархом. Борис обещал Иеремии несметные сокровища в обмен на грамоту о «постановлении митрополита Иова патриархом». Понятно, что никто другой Борису был не нужен. А Щелкаловы пояснили патриарху, что из Москвы он не уедет, пока не уступит. По одной версии грекам пригрозили утоплением в Москве-реке. Аргументы были неотразимы, и Иеремия уступил. 26 января 1589 г. константинопольский патриарх возвел Иова на московский патриарший престол. За это Иеремии из царской казны отвалили небывало большую сумму на построение новой патриаршей резиденции и нового собора в Константинополе.