Принцип выбора лекарства по сходству симптомов болезни с картиной лекарственной интоксикации был известен давно, на заре развития человеческой культуры. Гиппократ впервые сформулировал лекарственную болезнь и принцип подобия таким образом: «у одного и того же больного могут с успехом применяться многие лекарства, из которых некоторые имеют сходство с болезнью, а другие противоположны ей».
Заслуга Ганемана состоит в том, что он первый пытался разработать учение о сущности болезненного процесса, исходя из целостности организма, первый проводил экспериментальное учение действия лекарственных средств на здорового человека и сделал обобщающие выводы, указал на двухфазность действия лекарств, подробнейшим образом классифицировал симптомы лекарственной интоксикации, упорно боролся çà утверждение в медицине принципа «similia similubus curentur».
Ганеман обратил внимание врачей на значение гигиены и диетического режима для больных, боролся с полипрагмазией в терапии, выступал против насилия но отношению к психически больным, писал об индивидуальном подходе к больному, об учете его конституциональных особенностей. Он первый писал о том, что нужно лечить не болезнь, а больного. Ганеман критиковал хирургию своего времени с позиций, очень близких современной асептике. Глубоко разочаровавшись о современной ему умозрительной медицине, опиравшейся на виталистические теории и пользовавшейся средневековыми методами, Ганеман всю свою жизнь и талант отдал реформированию медицины.
В 1796 г. в научном трактате «Новый способ для исследования целительных свойств лекарств» Ганеман развивал следующие положения: всякое лекарство обладает своим механизмом действия, всякая реакция организма адекватна характеру введенного вещества и особенностям организма, каждое лекарственное вещество возбуждает в человеческом организме вид болезни, характерный для данного лекарства — «лекарственную болезнь». Изучая на себе действие больших доз настойки хинной коры, он отметил, что симптомы, вызванные хиной, напоминают симптомы лихорадки, и решил, что хина потому помогает при малярии, что у здорового человека вызывает состояние, похожее на малярию (не все авторы подтверждают достоверность этого факта с хинной корой).
Ганеман изучил на себе и своих учениках ряд других лекарственных средств (мышьяк, ртуть, дигиталис, стрихнин) и пришел к убеждению, что каждое лекарство, принятое внутрь в больших дозах, вызывает симптомы, напоминающие клиническую картину известных ему болезней.
Назначая лекарства по принципу подобия или сходства симптомов, излечивал различные заболевания.