Беккер был на своем месте, поэтому с первого взгляда кажется довольно странным то, что через год – 1935 году – он вдруг перешел в 1-й штандарт соединений «Мертвая голова», который носил название «Верхняя Бавария» и дислоцировался близ концентрационного лагеря Дахау. Однако здесь надо учитывать и тот факт, что инспектору соединений СС «Мертвая голова» Теодору Эйке также остро требовались специалисты по военной подготовке. И хотя «Мертвая голова» и части усиления и были самостоятельными, все же они были частью единой организации – СС и перевод вполне мог состояться и по приказу сверху: для усиления «Мертвой головы». Кроме того, перспективы для карьеры у Эйке были на тот момент значительно шире. Как бы то ни было Беккер согласие дал и приступил к исполнению своих обязанностей. Надо отметить, что жесткие методы, которыми Беккер превращал охранников концлагерей в идеальных солдат, сразу же получили одобрение неврастеничного Эйке и он стал оказывать Беккеру протекцию. И позже также Эйке постоянно продвигал Беккера, так как в нем инспектор концлагерей видел идеального солдата – отчаянно храброго и жесткого.
Несмотря на то что Беккер состоял в соединениях «Мертвая голова», основной задачей которых была охрана концентрационных лагерей – для этого они собственно и создавались, – сам он к концлагерям отношения не имел. Изначально задачей Беккера была организация подготовки личного состава. Поэтому он и был назначен командиром 9-го штурма штандарта «Верхняя Бавария» (еще его часть иногда называли ротой обучения пополнений – Rekrutenausbildungs-Kompanie), в задачу которого входила подготовка пополнения для всего штандарта, кроме того, ему была поручена организация системы физической подготовки всего штандарта. На Беккера также легла задача фактического создания и затем руководства курсами младшего командного состава (Unterführer-Lehrgang). Несмотря на то что в рейхсвере он был только унтер-офицером и опыта командования воинскими частями не имел, Беккеру удалось в сжатые сроки наладить как подготовку унтер-офицеров, так и значительно улучшить физическую подготовку подчиненных – именно эту цель поставил перед ним Эйке. Высокие результаты были оценены по достоинству, в 1936 году Беккер был произведен в гауптштурмфюреры СС (что соответствовало капитану в вермахте) и назначен командиром 1-го штурмбанна своего штандарта. В этом же году – 9 ноября – он получил еще одно повышение и стал штурмбаннфюрером СС, а 30 января 1938 года стал оберштурмбаннфюрером. В вермахте, даже после того как он одним росчерком пера был увеличен в разы, служебный рост даже отдаленно не походил на то, что творилось в СС.