Беккер был включен в состав подразделения штандарта, которое было использовано в составе немецких войск в ходе операций по аншлюсу Австрии, занятию Судетской области и оккупации Чехии. Его штурмбанн был придан сухопутным войскам как 1-й батальон СС Судетского добровольческого корпуса (Sudetendeutschen Freikorps). Это можно было назвать в определенной степени приобретением военного опыта, хотя и боевых столкновений эсэсовцы и не имели (как, впрочем, и части вермахта). В то же время Беккер и его подчиненные получили опыт марш-бросков в обстановке, приближенной к боевой. Все это оказало большое влияние на боеспособность штандарта.
С началом Польской кампании штандарт «Верхняя Бавария», в который входил штурмбанн Беккера, следовал за регулярными частями вермахта, проводя «зачистку» захваченной территории. Штандарт действовал в зоне ответственности 10-й армии генерала Вальтера фон Рейхенау, то есть в Верхней Силезии. Сведений, принимал ли Беккер участие в этот период в репрессиях против гражданского населения, нет, однако штандарты «Мертвая голова» хотя и не входили в состав эйнзатцгрупп полиции безопасности и СД, однако задачей штандатов было также оказание им помощи. В этом же районе действовала базировавшаяся в Ченстохове эйнзатцгруппа II оберштурмбаннфюрера СС Эмануэля Шэфера и 2-я полицейская группа, которой командовал однофамилец Беккера – генерал-майор полиции Герберт Беккер.
Как уже говорилось в очерке о Теодоре Эйке, в середине октября 1939 года в учебном лагере СС в Дахау начала формироваться дивизия СС «Мертвая голова». Штандарт «Верхняя Бавария» полностью вошел в состав дивизии, и на его основе был сформирован 1-й пехотный полк СС «Мертвая голова» (SS-Totenkopf-Infanterie Regiment 1). Беккер сохранил свой прежний пост и стал таким образом командиром 1-го батальона полка. Его батальон был одним из лучших и наиболее подготовленных в дивизии. Об этом говорит хотя бы тот факт, что из командиров рот батальона только гауптштурмфюрер СС Лёнхольдт (командир 2-й роты) не получил за время войны Рыцарского креста или Германского креста в золоте. Гауптштурмфюрер СС Отто Вильгельм Крон (командир 4-й роты) стал кавалером Рыцарского креста, гауптштурмфюрер СС Адольф Куртц (командир 1-й роты) – Германского креста в золоте, а гауптштурмфюрер СС Иоахим Шубах (командир 3-й роты) получил обе эти высокие награды. Это был лучший показатель среди батальонов полка.
От Касселя до Демянска
С началом кампании на Западе в мае 1940 года дивизия СС «Мертвая голова» выступила на фронт из своего лагеря, находившегося неподалеку от Касселя. Здесь Беккеру впервые привелось принять участие в настоящих военных действиях.