Все споры закончились 18 апреля 1942 года. В этот весенний день с борта самолета, на котором находился премьер-министр Японии генерал Тодзио, совершавший инспекторскую поездку, на подлете к порту Мито прямо по курсу обнаружили летящий впереди бомбардировщик, закамуфлированный в непривычные для японцев зелено-коричневые тона. Потребовалось несколько мгновений, чтобы все находящиеся в самолете премьер-министра Японии с ужасом убедились, что перед ними неизвестно откуда взявшийся бомбардировщик противника. Это был один из шестнадцати бомбардировщиков В-25, участвовавший в знаменитом рейде на Японию под командованием подполковника Джемса Дулиттла. Рейд потряс всю Японию, население которой впервые за всю войну смогло убедиться в мощи Америки. Конечно, особого материального ущерба доблестные летчики Дулиттла причинить противнику не могли, но морально-психологический эффект был огромным. И никто не был так потрясен этим событием, как адмирал Ямамото, считавший себя ответственным за безопасность императора. Если учесть почти религиозное преклонение японцев перед микадо, то можно понять, что пережил главнокомандующий Объединенным флотом, запершись в тот день в своей каюте на "Ямато". Старший вестовой адмирала Оми впоследствии рассказывал, что никогда не видел Ямамото столь бледным и подавленным.
Налет бомбардировщиков Дулиттла окончательно положил конец дискуссиям. Идея решительного сражения отступила на второй план перед идеей увеличения оборонительного периметра. Позднее офицеры, служившие с адмиралом Ямамото, уверяли, что желание обезопасить столицу от повторного воздушного нападения стало навязчивой идеей адмирала, которой он подчинял многие свои поступки. Не веря в то, что двухмоторные бомбардировщики базовой авиации могли подняться с палуб замеченных накануне авианосцев противника, Ямамото считал, что единственным местом, откуда они могли вылететь, был атолл Мидуэй, и категорически потребовал захвата этого "разбойничьего гнезда". После всех этих драматических событий Морской Генеральный штаб уже не осмелился возражать.
Начальник оперативного отдела штаба Объединенного флота капитан 1-го ранга Камето Куросима смог снова окунуться с головой в свою любимую работу. В его обязанности входила детальная разработка планов операций, и, по общему мнению, он был рожден для этого дела. Весь смысл своей жизни капитан 1-го ранга Куросима видел в этой работе. Занимаясь разработкой операции, он мог по несколько дней не выходить из своей каюты: он то сидел на линолеуме, зарывшись в бумаги, то размышлял в полной темноте, выкуривая при этом одну сигарету за другой и швыряя окурки в большую, наполненную водой вазу, поскольку никакая пепельница не могла вместить такого количества окурков и табачного пепла. Работая, Куросима забывал обо всем. Рассказывали, что он даже спал, не снимая ботинок, за что заслужил не очень лестное прозвище "боке-самбо" (неряха). Адмирал Ямамото смотрел сквозь пальцы на все странности Куросимы, разделяя общее мнение, что этот офицер - "Бог оперативных разработок".