Казалось, что ныне, в затеянной адмиралом Ямамото гигантской игре, он распределил все ставки правильно. Однако командующий Тихоокеанским флотом США адмирал Честер Нимиц не принял игры Ямамото, а напротив, пытался навязать ему собственную игру. Понимая, что его ослабленные первыми поражениями силы еще далеко не в форме, чтобы начать более-менее серьезные операции, американский адмирал, выигрывая время, разработал тактику, которая получила название "кусай и беги" и заключалась в молниеносных рейдах авианосцев для нанесения ударов по внешнему периметру японской обороны с таким же молниеносным отходом. В свою очередь, адмирал Ямамото, прекрасно понимая, что время работает не на него, считал необходимым в самое ближайшее время навязать американскому флоту решительное сражение и довершить его разгром. Атолл Мидуэй, по мнению Ямамото, был именно тем местом, захват которого втянет остатки американского флота в решительное сражение.
Атолл Мидуэй - маленький форпост США в центральной части Тихого океана, в 1 136 милях к северо-западу от Гавайских островов, занимал очень выгодное стратегическое положение, и захват его открывал большие возможности для планирования и осуществления дальнейших операций японского флота. Идея захвата Мидуэя родилась еще в феврале 1942 года, когда Япония завершила так называемую "первую фазу войны" и флот начали раздирать споры о направлении дальнейшего стратегического наступления. Морской Генеральный штаб возражал против захвата Мидуэя, предлагая продолжать наступление на запад, захватить Цейлон и, продвигаясь в атом направлении, соединиться с Роммелем где-то на Ближнем Востоке. Другая группа офицеров Морского Генерального штаба выдвинула более грандиозный план, предусматривающий наступление на юг с захватом островов Новая Каледония, Самоа и Фиджи и с оккупацией на заключительном этапе Австралии.
План захвата Мидуэя принадлежал Ямамото и разрабатывался штабом Объединенного флота. Даже если бы этот план не имел недостатков, то, учитывая традиционный антагонизм между Морским Генеральным штабом и штабом Объединенного флота, было вполне естественно, что Морской Генеральный штаб выступил против этого плана в столь резкой форме. Однако очевидные недостатки плана Ямамото действительно заставляли задуматься над целесообразностью его проведения.
Большая удаленность атолла от Японии, невозможность прикрытия его базовой авиацией, уязвимость со стороны Гавайских островов, сжатые сроки, необходимые для реализации плана, - все это были минусы, с которыми невозможно было не считаться. Но горячим сторонником захвата Мидуэя был сам Ямамото, а популярность этого человека была такова, что мало кто решался открыто ему возражать. В итоге мнение Объединенного флота стало брать верх, и 5 апреля 1942 года Морской Генеральный штаб, который формально считался высшей инстанцией, нехотя утвердил план операции, напомнив Ямамото о угрозе его правому флангу со стороны Алеутских островов. Ямамото заверил, что Алеуты будут атакованы одновременно с Мидуэем, и сделал примирительный шаг - после захвата Мидуэя он не будет возражать против наступления на юг по плану Морского Генерального штаба. Однако заключенное соглашение не могло мгновенно уничтожить вековые раздоры между двумя высшими штабами Императорского флота. Полемика продолжалась, что вовсе не способствовало скорейшему проведению подготовительных мероприятий.