После назначения заместителем начальника Генерального штаба — Паулюс приступил в начале сентября 1940 года к своим обязанностям — Гальдер вручил ему папку с документами и сказал: «Эту папку начал ваш предшественник. Обработка этих материалов — ваша ближайшая задача».
В папке, получившей название «Зеленая», находилась директива Главного штаба вооруженных сил о разработке оперативного плана войны против Советского Союза3, который у немцев принято было называть по-старому Россия. Вместе с двумя офицерами оперативного отдела Паулюс принялся за работу, и примерно в октябре был готов проект оперативного плана.
Затем, на основании этого проекта, проводились военные игры, в которых принимали участие Гальдер, сам Паулюс, полковник Хойзингер1 и еще несколько офицеров Генерального штаба вооруженных сил.
В связи с опытом, полученным в результате проводившихся военных игр, проект был дополнен и усовершенствован, а затем направлен в оперативный отдел для окончательной разработки оперативного плана.
Первая и вторая копии проекта были представлены в письменном виде главнокомандующему вермахта2. Первую копию визировал лично Паулюс, а подписывал Гальдер. Вторую визировали Паулюс и Хойзингер, а подписал также Гальдер.
С политической стороны этот вопрос не обсуждался. Генеральный штаб, в частности Гальдер, считал, что в политическом отношении ответственность за военную кампанию ляжет на руководство штаба. Начальник Генерального штаба пользовался советнической и исполнительной властью главнокомандующего вермахта.
В вопросах военного характера, и прежде всего — оценке сил СССР, имелись разногласия между руководством штаба и командованием армий. Точно так же как Гальдер по отношению к Паулюсу, так и сам Паулюс по отношению к другим избегал этого вопроса, мотивируя тем, что это не входит в круг их задач. По этому поводу Гальдер беседовал с командующим вермахтом.
Весной 1941 года Паулюс вместе с Браухичем3, Гальдером и Хойзингером присутствовали еще на одном совещании у Гитлера, где обсуждался оперативный план, но лично Паулюс в обсуждении не участвовал.
В очередной раз, в начале июня 1941 года, Паулюс участвовал в Берлине еще на одном совещании, которое проводил Гитлер. На нем были Браухич, Гальдер и Паулюс, командующие армейскими группировками и армиями. Сначала командующие армиями делали доклады о предполагаемых операциях. Затем Гитлер произнес речь, в которой сказал об окончательном решении — начале войны против России: «Россия является вечной угрозой для Германии. Обстановка сейчас подходящая. Германский народ безоговорочно последует за мной. Германия сильная. Я — единственный, кто может привести Германию к победе.