Тем временем в урегулировании церковного спора в Реймсе папа Григорий V решился выступить против Герберта фон Ауриллака. В ответ король Роберт II освободил архиепископа Арнульфа из-под ареста и возвратил ему его епископскую штаб-квартиру. Тем самым Герберт мог считать себя свободным. Однако он своевременно постарался обеспечить себе местечко при императоре Оттоне III, приобретя пост советника императора. Адальберт Пражский также объявился в Нимвегене при императорском дворе. Однако очень скоро он отправился с миссионерскими целями на побережье Балтики, откуда уже не вернулся.
Весной 997 года его убили в Восточной Пруссии. Польский князь Болеслав Храбрый приказал расчленить труп епископа, перевезти в Гнезно и там закопать. Мученическая смерть Адальберта побудила императора требовать от собора причисления его к лику святых, едва известие о смерти достигло ушей Оттона III. После того как Адальберт исчез с политического небосклона, Герберту фон Ауриллаку стала доступна ниша при дворе, занимаемая прежде его предшественником. Не нужно много фантазии, чтобы представить себе, как герцог Генрих IV Баварский с его интеллигентностью и трезвостью ума наблюдал за развитием событий при дворе. Влияние Герберта фон Ауриллака на императора серьезно изменило характер его деятельности: все чаще и чаще он предавался мечтам о воссоздании Великой Римской империи.
Выводы, сделанные герцогом Генрихом из процессов, происходивших при дворе императора Оттона III, позднее серьезно помогли ему в формировании собственных принципов управления. Его позиция в церковном конфликте в Гандерсгейме, его отношение к архиепископу Виллигису и последующая деятельность как правителя показывают: едва ли Генрих был во всем согласен с молодым императором. Это касается прежде всего того периода, когда Адальберт Пражский покинул двор.
С прославлением аскетичной монашеской жизни епископа Адальберта герцог Генрих еще мог согласиться, с идеей Герберта фон Ауриллака – воссозданием Великой Римской империи – ни в коем случае. Тем поразительнее та высочайшая преданность, вновь и вновь выказываемая герцогом Генрихом императору. Герберт фон Ауриллак должен был бы понимать, что, притязая на роль императора возрожденной Римской империи, его властелин все дальше удалялся от реальных политических проблем того времени, равно как и от насущных вопросов, стоявших перед правительством. Мать Оттона III, императрица Феофано, женщина весьма здравомыслящая, смогла бы скорее всего спустить сына на грешную землю в его имперских амбициях, но, к сожалению, прошло уже шесть лет, как она скончалась.