С развитием военного искусства значение разведки возрастает. При царе Алексее Михайловиче, отце Петра Великого, в 1654 году создаётся Приказ тайных дел, к которому от Посольского приказа переходят разведывательные функции.
Позднее Петр I передал дела Приказа тайных дел в Тайную канцелярию, а затем в Преображенский приказ. В регулярную практику секретной переписки вводятся шифры, мастером составлять которые был сам царь.
В 1716 году в новом воинском уставе Петра I разведывательная работа впервые приобретает правовую основу и поручается генерал-квартирмейстерской службе.
Особенно велик его вклад в обеспечение экономической безопасности России, в которой он, с одной стороны, придавал большое значение развитию производительных сил, постоянно вникал в нужды промышленности и торговли, а с другой — активно способствовал дальнейшему развитию и становлению спецслужб.
Российские посольства продолжали активно добывать политическую, военную и экономическую информацию, приглашать на работу в страну иностранных специалистов.
Кроме них Петр Великий начинает целенаправленно создавать и другие структуры, говоря современным языком под глубоким прикрытием, которые также занимались разведывательной деятельностью в интересах России.
При Петре I резко расширяется практика приглашения иностранных специалистов в страну. Она становится одним из элементов развития российской промышленности.
Так, только Великое посольство завербовало 800 инженеров, офицеров, врачей и корабельных мастеров. Иностранным специалистам создавались все условия — высокая оплата, беспошлинный вывоз из страны всего нажитого на русской службе имущества.
Однако значительное количество иностранных специалистов пришлось на шпионов, авантюристов и мошенников, поэтому отношение российского императора к ним претерпело серьезные изменения.
Основными методами расследования дел подведомственных Тайной канцелярии при Петре I были пытки и рассмотрение доносов. Но, кроме них появились и новшества, в том числе — перлюстрация почтовой переписки.
17 июня 1718 года специальным указом царя было «приказано вскрывать в почтовом ведомстве те письма, которые приходят на имя чужестранных министров».
Как оказалось, в этих конвертах были подозрительные письма к подданным его величества, к знатным особам. Ряд этих лиц были арестованы и сурово наказаны.
В 1697 году Петр Великий учреждает Преображенский приказ. Если вначале его функции были довольно разнообразны, то постепенно деятельность приказа сосредоточивается на разведке, контрразведке, пресечении преступлений против царя и государства.