Бессменным руководителем приказа был князь Ф.Ю. Ромодановский. Всей деятельностью, связанной с разведкой и контрразведкой, руководил лично царь. Донесения о действиях вражеских шпионов шли на имя царя, он с ними знакомился и давал точные и лаконичные указания.
Петр I превыше всего ставил национальные интересы России, поэтому он пошел дальше своего отца в определении и расследовании преступлений по слову и делу государеву.
Если по Уложению царя Алексея Михайловича от 1649 года смертная казнь полагалась за 60 видов преступлений, по современному ему французскому законодательству — за 115, то Петр ввел смертную казнь за 200 видов.
Именно при Петре I резко повысился уровень обеспечения экономической безопасности России, многие российские товары, благодаря своему качеству и дешевизне, стали конкуренто¬способными и пользовались устойчивым спросом на внешних рынках.
В начале царствования Петра центральными разведывательными органами оставались Разряд, Посольский приказ и Приказ тайных дел. Но это продолжалось недолго. Молодой Петр не был удовлетворен результатами разведывательной деятельности приказов и взял руководство разведкой в свои руки.
Начало непосредственного руководства Петра разведкой относится ко времени Азовских походов. С начала Северной войны разведывательные функции приказов сходят на нет, сами эти приказы упраздняются.
Руководство разведкой осуществляет сам царь. Создаются новые органы управления: кабинет, или походная канцелярия царя, возглавляемая его кабинет-секретарем; походная Посольская канцелярия, созданная для оперативного разрешения дипломатических вопросов и одновременно проводившая разведывательную деятельность, а также разведку ведут штабы армии — обоз князя Меньшикова, командовавшего конницей, и главная военная канцелярия фельдмаршала Шереметева, командовавшего пехотой и артиллерией.
Военно-морская разведка была создана одновременно с военно-морским флотом и осуществлялась через одного из помощников адмирала флота.
Необходимо отметить, что Посольский приказ, позднее Коллегия иностранных дел, находившаяся в Москве, вела разведку через дипломатический аппарат в странах пребывания и готовила кадры дипломатических работников.
Разведка, которая велась при Петре I, обеспечивала главным образом военные интересы государства. Жизнь Петра почти сплошь было занята войнами.
Разведка направлялась на непрерывное и систематическое добывание сведений о военном, политическом и экономическом положении иностранных государств, в первую очередь Швеции и Турции, как главных противников.