К удовлетворению Александра, «суд» предложил побить Филота камнями, по старому македонскому обычаю. Однако царь посчитал, что недостаточно удовлетворил свое чувство мести. Гефестион, Кратер и Кен настаивали, чтобы перед смертью Филоту подвергли пыткам с целью «добиться правды». Совет македонян дал согласие и на эту процедуру, затем воины были распущены по палаткам.
Мучили Филота долго и жестоко. «Его подвергли пыткам в присутствии ближайших друзей царя, а сам Александр слышал все, спрятавшись за занавесом» (Плутарх). Курций Руф подробно описывает издевательства над сыном Пармениона:
Его схватили, и пока завязывали ему глаза и срывали с него одежду, он напрасно призывал богов своей отчизны и законы всех народов, обращаясь к тем, кто не хотел слушать. Затем его стали терзать изощреннейшими пытками, ибо он был осужден на это и его пытали враги в угоду царю. Сначала, когда его терзали то бичами, то огнем и не для того, чтобы добиться правды, но чтобы наказать его, он не только не издал ни звука, но сдерживал и стоны. Но когда его тело, распухшее от множества ран, не могло больше выдержать ударов бича по обнаженным костям, он обещал, если умерят его страдания, сказать то, что они хотят. Но он просил, чтобы они поклялись жизнью царя, что прекратят пытку и удалят палачей. Добившись того и другого, он произнес:
— Скажи, Кратер, что ты желаешь услышать от меня?
И когда Кратер, взбешенный тем, что Филота смеется над ним, позвал палачей обратно, Филота стал умолять дать ему время перевести дыхание, обещая сказать все, что знает.
И тогда Филот передал слова погибшего в сражении друга отца — Гегелоха. Они, собственно, были лишь реальной оценкой нынешнего Александра.
Когда царь приказал почитать себя как сына Юпитера, возмущенный этим Гегелох сказал:
— Неужели мы признаем царя, отказавшегося от своего отца, Филиппа? Мы погибнем, если допустим это. Кто требует, чтобы его считали богом, презирает не только людей, но и богов. Мы потеряли Александра, потеряли царя и попали под власть тирана, невыносимую ни для богов, к которым он приравнивает себя, ни для людей, от которых он себя отделяет. Неужели мы ценой нашей крови создали бога, который пренебрегает нами, тяготится советами смертных? Поверьте мне, и боги придут нам на помощь, если мы будем мужественны.
Александра мало интересовала давняя болтовня убитого Гегелоха. Ему было важно заставить Филота признать себя причастным к нынешнему раскрытому заговору. Только так царь мог избавиться «от большой опасности, не только смерти, но и ненависти, ибо Пармениона и Филота, его первых друзей, можно было осудить только при явных уликах виновности, иначе возмутилась бы вся армия».