В ходе войны язычники смогли удержать Черную крепость и разбить новгородцев в Карелии, но это стало их единственным успехом. Причиной этих побед стало сосредоточение там лучших войск — большей части храмовых дружин и всех амазонок.
Но при этом остальная территория оказалась защищена крайне слабо, и в 1398 году трехтысячное новгородское войско (отборное, состоящее только из боярских дружин и ушкуйников) смогло взять Белозерск и Устюг. Неудача постигла их только при штурме Сестрорецка.
Город казался незащищенным. Отсутствовала стена, вместо неё имелись небольшие укрепления несвязанные друг с другом. Такой тип укреплений был неизвестен новгородским воеводам. Небольшой отряд посланный вперед был уничтожен полностью — территория между бастионами простреливалась насквозь, а арбалетчиков в них сидело очень много. Воеводы не решились напасть на такую крепость и, разорив окрестности, отступили.
После этого погрома был заключен мир между Москвой, Сестрорецком и Новгородом "по старине". Новгород формально выиграл эту войну, резко ослабив язычников и не дав Московскому князю занять Торжок. Но при этом он и потерял очень многое. Именно после этой войны ненависть северян к новгородцам стала массовой и непреклонной.
Два погрома за 10 лет привели к тому, что во всех последующих войнах Сестрорецкие князья получали массовую поддержку со стороны своих подданных — ополченцами и припасами. Также эти походы добили и без того слабые христианские позиции на севере. "Вот что творят слуги Безумного бога" — эти слова стали прекрасным пропагандистским лозунгом.
В 1399 году начался решающий этап войны между Литвой и Ордой. И связанный с ней конфликт на Руси. Отдельные московские князья примкнули к литовскому войску — братья Ольгердовичи и Боброк. Учитывая, что при этом они остались Московскими боярами, нет сомнений, что сделали они это с согласия Василия Московского. Тем не менее, большая часть русских войск осталась дома и не приняла участия в войне.
Разгром литовских войск был страшен. Не помог ни численный перевес в профессиональных бойцах (шестьдесят тысяч смог собрать Витовт — и это не ополчение, которое выводил Дмитрий Донской, это дружинники и наемники), ни артиллерия, ни восстания сторонников Тохтамыша в степи. Едигей раз и навсегда доказал свои военные таланты.
Витовт на несколько лет был вынужден свернуть активность. Тохтамыш бежал в Сибирь, где и был убит через несколько лет.
В 1400 году Олег Рязанский разбивает ордынского царевича Мамат-Састана и берет его в плен. В этом сражении помимо собственно рязанских войск участвовали черниговские (козельские), пронские и сестрорецкие войска. От язычников действовали Мещерские и Тульские отряды и примерно 1000 бойцов пришедших с севера (в том числе личная охрана князя — Ольтийский отряд амазонок). Часть пленных татар Палач расселяет в Мещере (по всей видимости все пленные язычники достались ему). С этого момента можно говорить о "южном анклаве" язычников.