Следующий серийный Ту-144Д №07-1 был выпущен 19 февраля 1979 г. - со значительным отставанием от заданных сроков. Задержку вызвало устранение недостатков конструкции самолета и систем, выявленных аварийной комиссией. Однако 5 марта в ходе одного из первых полетов на этой машине произошло новое разрушение топливопровода, приведшее к значительной течи керосина. На основании выводов комиссии в течение апреля-июля на Ту-144Д была произведена замена алюминиевых трубопроводов на стальные. Естественно, в этот период самолеты не летали. Впрочем, во все другие периоды они тоже почти не летали из-за низкого ресурса двигателей и задержек в их поставках. Строились новые самолеты, но общая картина практически не менялась. 31 июля 1980 г. в испытательном полете на Ту-144Д №08-1 на сверхзвуковой скорости разрушился диск компрессора двигателя, что привело к серьезным повреждениям конструкции планера и ряда систем. В этой сложнейшей, почти катастрофической ситуации экипаж под командованием Е.А.Горюнова сумел совершить благополучную вынужденную посадку на базе ВВС в Энгельсе. Новая аварийная комиссия определила перечень мероприятий по повышению надежности двигателей, выполнение которых затянулось до марта 1981 г. А Ту-144Д продолжали простаивать. К тому моменту на них удалось выполнить только 110 испытательных полетов вместо 230 по графику.
И все же к концу 1981 г. основной объем Госиспытаний дальнего самолета был выполнен. В общей сложности 5 машин совершили 411 полетов с налетом 764 часа. Ту-144Д доказал соответствие нормам ВНЛГСС и 9 июня 1981 г. даже получил Временный сертификат летной годности №11В-144Д, дававший формальное право начать эксплуатационные испытания. Одним из выводов Госиспытаний стало установление несоответствия реальной экономичности двигателя заданной: расход топлива оказался больше на 3,4%. Министр авиапрома без промедления дал приказ главному конструктору П.А.Колесову устранить это несоответствие. Двигателисты сделали все, что могли, и новый вариант двигателя был создан, но с опозданием на 2 года. Он успешно прошел стендовую отработку, однако в воздух на Ту- 144Д так никогда и не поднялся.
История программы Ту-144 свидетельствует о постоянном стремлении туполевцев психологически приблизить свой самолет к тем, для кого они его создавали - к пассажирам и перевозчикам. Сделать его более привычным для них. Внушить, что на нем можно безопасно и комфортно летать. Одним из подходящих для этого средств оказалось проведение эксплуатационных испытаний, и они хотели начать их на Ту-144Д как можно раньше, еще до завершения Госислытаний. Такой прием успешно сработал в случае с самолетом, оснащенным кузнецовскими двигателями, однако на этот раз МГА резко воспротивилось. Поэтому А.А.Туполев решил провести т.н. заводской этап эксплуатационных испытаний, в ходе которого Ту-144Д летал из Жуковского по замкнутому маршруту Москва-Ашхабад-Фрунзе-Москва и совершал перелеты в Хабаровск. С 21 мая по 26 декабря 1979 г. был выполнен 51 полете налетом 127 часов, в т.ч. 90 - на сверхзвуковых режимах. Может быть, главным итогом этих рейсов стало подтверждение практической возможности перевозить в Хабаровск без промежуточной посадки коммерческую нагрузку 7 т, что соответствует примерно 70 пассажирам.