Сейсмические исследования в океанах начались лишь в последние годы, и по Индийскому океану имеется еще очень мало данных. Поэтому исследования, проводившиеся Валерием Михайловичем Ковылиным, вызывают большой интерес. Расшифровка записанных в районе Яванской впадины отраженных волн позволяет заключить, что здесь имеется несколько слоев рыхлых осадков, по крайней мере шесть. Толщина их в разных местах не одинакова. В районе к югу от Явы, на ложе океана, она равна 1000 метрам, в самом же желобе Яванской впадины толщина слоя рыхлых осадков достигает 2000 метров.
Конечно, немало интересных наблюдений было сделано за время наших длинных станций в районе Яванской впадины и по биологии моря. Зоологи неоднократно спускали трал Сигсби, стараясь попасть на наибольшие глубины впадины. Изучением фауны глубоководных впадин занимались наши зоологи Н. Г. Виноградова и Г. М. Беляев, специалисты по придонной фауне — бентосу.
В интереснейшей проблеме жизни на максимальных глубинах океана имеется много аспектов. Один из них — это вопрос о возрасте глубоководной фауны. Мнения здесь расходятся. Одни ученые считают, что глубоководная фауна хранит в наибольшем количестве древние и примитивные формы, другие — в основном зарубежные ученые — считают, что она не более древняя, чем фауна поверхностных вод океана.
Не все траления были удачны. Иногда трал приносил очень мало животных. Много часов напряженной работы — и в результате жалкая горсточка биологического материала, полученная при промывке ила. Отряд бентоса занимался количественным учетом биомассы донных животных. И когда фауны бывало очень мало, оставалось неясным — то ли действительно очень мала биомасса придонного населения, то ли по техническим причинам трал не смог собрать имеющихся на дне животных.
Но бывали и удачные тралы, приносившие разнообразных животных: моллюсков, червей, рачков, неизвестных для таких глубин, мелких голотурий элпидия (Elpidia glacialis), которых во множестве находила и «Галатея» в Яванской впадине, различных морских звезд. Была поймана огромная красная пирозома (Pyrosoma spinosum), длиной 2,5 метра, своеобразное животное, относящееся к колониальным асцидиям. На дне Яванской впадины обнаружено 25 видов животных, принадлежащих к 8 типам животного царства. Среди глубоководной донной фауны есть эндемичные виды, а есть и виды, близкие к находимым во впадинах Тихого океана, прежде всего в Филиппинской.
На одной из станций Т. С. Расе выловил интересных прозрачных глубоководных рыб с телескопическими глазами на длинных стеблях. Теодор Саулович предполагает, что это стилофтальмы