В Харбине о Филарет вел большую церковную и пастырско-проповедническую деятельность. Уже в первые годы своего служения в священном сане он привлек к себе множество людей, искавших духовного руководства Богослужения, которые он совершал с горячей верой, и его вдохновенные проповеди собирали полные храмы молящихся Люди во множестве стремились в тот храм, где служил о Филарет Его любили все харбинцы, его имя было известно также и далеко за пределами Харбинской епархии Он был добрым, доступным для всех, кто к нему обращался У дверей его скромной кельи стояли очереди жаждущих бесед с ним; идя к нему, люди знали, что получат правильный совет, утешение и помощь Владыка был щедр не только на духовную, но и на материальную милостыню, подражая своему покровителю – праведному Филарету.
В 1931 г Манчжурия была оккупирована японскими войсками Через 14 лет на смену японцам пришли коммунисты – в 1945 г. советские войска разгромили японскую армию; вслед за советскими коммунистами к власти пришли китайские В первые же дни «красного переворота» советское правительство стало предлагать русским эмигрантам принять советское гражданство Агитация велась умело, очень тонко и убедительно, и обманутые русские люди, уставшие от тяжелых лет японской оккупации, во время которой все русское подавлялось, поверили в то, что в СССР теперь настала «полная свобода для религии», и стали возвращаться в советскую Россию.
В это время о Филарет был настоятелем церкви Иверской иконы Богоматери в Харбине К нему пришел сотрудник харбинской газеты и спросил его мнение о «милости» советского правительства, предложившего эмигрантам взять советские паспорта, – предполагая услышать и от о Филарета слова благодарности и восхищения. «Но я ответил ему, – рассказывал владыка Филарет, – что от взятия паспорта категорически отказываюсь, так как не знаю ни о каких «идейных» переменах в Советском Союзе и, в частности, не знаю, как протекает там церковная жизнь, зато много знаю о разрушении храмов и преследовании духовенства и верующих мирян Вопрошавший поспешил прервать беседу и уйти»
Вскоре о Филарет прочел в «Журнале Московской Патриархии» слова о том, что Ленин был величайшим гением и благодетелем человечества Отец Филарет не выдержал такой лжи и с амвона храма указал верующим на всю неправду такого возмутительного утверждения в церковном печатном издании Практически весь дальневосточный епископат Русской Зарубежной Церкви в то время признал Московскую Патриархию, и, таким образом, о Филарет невольно оказался в юрисдикции МП как священник Харбинской епархии Это было для него чрезвычайно тяжело Он никогда не допускал поминовения во время богослужений безбожных властей, в каком бы приходе ни служил, и никогда не совершал молебнов и панихид по указке или в угоду советской власти.