Когда в СССР была объявлена известная кампания «освоения целины», бывшим эмигрантам было предложено выехать в Союз К скорби о Филарета, его собственный отец, архиепископ Димитрий (Хайларский), вместе с несколькими другими епископами – митрополитом Мелетием (Заборовским), архиепископом Нестором (Анисимовым) и многими священниками репатриировался в СССР Отец Филарет наотрез отказывался служить напутственные молебны отъезжавшим в СССР, поскольку в основе такого молебна лежит молитва о благословении благого намерения, а намерение ехать в Союз он не считал благим и не мог лгать Богу и людям Так он говорил и действовал во время всего своего пребывания в Китае.
Такая твердая и непримиримая по отношению к советской власти позиция не осталась незамеченной Отца Филарета много раз вызывали на допросы, на одном из которых его даже избили. Не дождавшись лояльности, его попытались убить: подожгли дом, в котором он жил, предварительно заколотив двери и окна нижнего этажа Пожар был страшным, и о Филарет едва успел спастись: он выпрыгнул, при этом сильно обгорев, из окна второго этажа Вследствие пережитых допросов и ожогов у него на всю жизнь остался небольшой наклон головы набок и некоторое искривление нижней части лица; также пострадали голосовые связки Так святитель Филарет сподобился части исповедников и мучеников за веру Архимандрит Филарет покинул Китай только после того, как почти вся его паства выехала из Харбина.
После обращения к Первосвятителю Русской Зарубежной Церкви Митрополиту Анастасию с просьбой считать его снова в юрисдикции РПЦЗ о Филарет был направлен в Гонконг и вскоре вылетел в Австралию и прибыл в Сидней Правящий архиепископ Австралийский принял его радушно, с любовью, и уже в первые недели пребывания о. Филарета в Австралии стал говорить о возможности его хиротонии в епископа В душе архимандрита Филарета сразу возникли колебания и сомнения По своему глубокому смирению он считал себя немощным и недостойным такого высокого служения Однако опыт монашеского послушания не позволял ему уклониться от пути, на который звала его церковная власть В 1963 г он был хиротонисан в епископа Брисбенского, викария Австралийской епархии.
Конечно, смиренный служитель Церкви и не помышлял тогда, что уже на следующий год ему предстоит стать Первоиерархом всего Русского Зарубежья и что имя его будет известно по всем концам мира как имя исповедника и поборника Истинной Православной веры …
В 1964 г много лет бывший Первоиерархом РПЦЗ митрополит Анастасий по состоянию здоровья и по возрасту подал Архиерейскому Собору прошение об уходе на покой Возник вопрос о том, кто будет новым Первосвятителем Одни из членов РПЦЗ желали видеть своим главой архиепископа Иоанна (Максимовича), но другая часть очень противилась этому Тогда, во избежание дальнейшего обострения обстановки и возможного конфликта или даже раскола, святитель Иоанн снял свою кандидатуру и предложил сделать Первосвятителем самого младшего архиерея – епископа Филарета Этот выбор поддержал и митрополит Анастасий: владыка Филарет был самым младшим по хиротонии, мало вращался в церковных кругах Зарубежья и не успел примкнуть к какой-либо «партии». Итак, 27 мая 1964 г., в день Преполовения Пятидесятницы, епископ Брисбенский Филарет был избран Архиерейским Собором РПЦЗ на Перво-святительский престол.