В 1938–1939 гг в связи с расширением территории III Рейха чиновники РКМ приступили к реализации своей идеи распространения православной Германской епархии на все контролируемые Германией территории К епархии были присоединены общины в Австрии и в протекторате, образованном на месте оккупированной Чехии, а затем в ведение архиепископа Серафима поступили приходы и других оккупированных территорий Владыка Серафим стремился оказывать помощь православным беженцам с территорий, занятых советскими войсками, о чем будет сказано далее.
Для деятельности архиепископа Серафима было характерно и стремление всячески смягчить национальные конфликты, в частности пойти на компромисс с оказавшимися на территории его епархии украинскими православными священниками и мирянами Этому мешали различные обстоятельства, в том числе постановление Архиерейского Собора РПЦЗ 1938 г о введении обязательного поминовения Российского Царствующего дома во всех храмах Эта, по сути политическая, акция, несомненно, являлась ошибкой. В письме митрополиту Анастасию от 9 января 1939 г. архиепископ Серафим с горечью сообщал: «Постановление Архиерейского Собора оттолкнуло от нас прежде всего всех украинцев Переговоры, которые я вел с украинцами, готовыми признать меня, пришлось прекратить, так как они не согласны поминать Российский Царственный дом» Особенно остро эта проблема встала в конце 1939 г, после присоединения приходов бывшей Польской Православной Церкви В дальнейшем обязательное поминовение Дома Романовых было отменено, и, как ярко показало епархиальное собрание в январе 1942 г, удалось найти действенный компромисс с украинскими общинами.
Была предпринята также попытка создать в III Рейхе богословский институт «в целях противодействия большевизму и распространения влияния Германии в балканском регионе», а также в противовес Парижскому Свято-Сергиевскому богословскому институту. Эту идею пытались воплотить в жизнь РКМ и германская комиссия «Про Део». Но заместитель фюрера по партии рейхсминистр Гесс воспротивился, заявив, что нет нужды в организации государственного православного богословского института и что такое учреждение может быть организовано лишь как частное Синод РПЦЗ тоже имел свои виды на возможную организацию подобного института и в ноябре 1938 г перевел служить в Берлин магистра богословия архимандрита Василия (Павловского), который в январе 1939 г представил в РКМ разработанный им устав православного теологического факультета при Восточно-Европейском институте в Бреслау Но Министерство народного образования отказало в поддержке и предоставлении для института государственных помещений. С осени 1939 г. РКМ предпринимало попытки создать богословский институт в Берлине, но и они не увенчались успехом, а после начала войны с Советским Союзом партийная канцелярия поставила вопрос о целесообразности поддержки Православной Церкви из средств РКМ Кроме того, накануне войны с СССР заметно ухудшилось и общее отношение к жившему в Германии русскому духовенству Становилось ясно, что поддержка нацистским правительством Православной Церкви имела в виду вовсе не цели распространения православия, а являлась политической игрой, и руководство РПЦЗ, несомненно, допустило ошибку, оказав слишком большую лояльность по отношению к властям III Рейха в предвоенный период.