В октябре 1995 года зверски избит второй священник грозненского храма отец Александр (Смывин).
29 января 1996 были взяты в заложники посланник патриарха Московского и Всея Руси в Чечне протоиерей о. Сергий Жигулн и настоятель грозненской церкви Михаила Архангела о. Анатолий Чистоусов. Грозненский священник был найден убитым. Представителя Московского патриархата протоиерея Сергия Жигулина бандиты потребовали обменять на бывшего охранника Дудаева. Однако через пять месяцев освобождение произошло без предварительных условий. В плену протоиерей подвергался пыткам. Священнику на допросах сломали правую руку, несколько ребер; били кнутом, не давали пить, держали полураздетым на морозе. Допрашивал священника военный прокурор ЧРИ Магомед Жаниев, пытали и избивали его сотрудники Департамента ГБ ЧРИ.
В январе 1997 года угнаны в рабство иеромонах отец Евфимий Беломестный и послушник Алексий Равилов.
В период с 23 декабря 1997 года по 1 января 1998 года на церковную общину г. Грозного и храм Архистратига Михаила были совершены террористические нападения. В ночь с 23 на 24 декабря 1997 года вооруженные чеченцы проникли на территорию храма и попытались через окно забраться внутрь помещений с целью ограбления. Однако получив отпор со стороны прихожан, скрылись. Чеченская охрана никого не задержала. 29 декабря около 22 часов на территорию храма была брошена боевая граната, которая взорвалась под окнами здания. Люди не пострадали, но зданию был нанесен материальный ущерб. 1 января 1998 года около 3-х часов ночи группа чеченцев, находившихся в состоянии сильного алкогольного и наркотического опьянения, предприняла попытку взлома дверей и прорыва внутрь храма. Охрана ввязалась в переговоры с ними, но вскоре все они были отпущены.
Весной 1999 года похищены в станице Ассиновской русские священники отец Петр Макаров, отец Петр Сухоносов и еще один иеромонах (имя не установлено).
19 июля 1999 года прямо из храма в Грозном уведен в рабство иеромонах о. Захария, а вместе с ним церковный староста Яков Рощин и прихожанин Павел Кадышев.
Как выживали прихожане последнего православного храма св. Архангела Михаила, рассказывается в письме настоятеля храма иеромонаха отца Захарии Ямпольского, написанном в мае 1998 года:
“Жизнь прихода составляют верующие люди, их молитвами к Господу Богу теплится и живет приход. Ещё год назад мы могли с уверенностью сказать, что это настоящий приход из-за количества верующих, которые посещали храм. Сейчас же мы являемся лишь жалким отголоском прошлого. Наш приход постепенно умирает, каждый день каждую минуту мы теряем своих прихожан. Кто имеет возможность, тот уезжает, покидая эту Республику навсегда, некоторым не к кому податься, и они смирились с судьбой. Для нас, жителей и прихожан г. Грозного время приобрело особое отношение к жизни — если вы прожили сутки и вас не ограбили, не унизили, не надругались, не взяли в рабство и, тем более счастье, если вас не убили, то это чудо и счастье. Если говорить о нашем быте, то это жалкое подобие человеческого существования. Все, что нажил приход за свое столетнее существование, было разграблено, разрушено и сожжено. Остатки церковного имущества постепенно разворовываются грабителями, хотя мы имеем и охрану и сторожа.