Опасность, исходившая от регентши и ее окружения, побуждала Наталью Кирилловну к поиску безопасного убежища — подальше от Кремля, поближе к немногим верным людям, осмелившимся открыто демонстрировать свою привязанность ко двору младшего царя. Эта тревога не осталась не замеченной Петром. Он с детства опасался сводной сестры и рос под вечным психологическим прессом — отравят, изведут, убьют. В эти годы привычным местом обитания Петра стало подмосковное дворцовое село Преображенское.
Преображенское было летней резиденцией царской семьи. Сюда приезжали для отдыха и охоты. После смерти супруга в селе подолгу жила Наталья Кирилловна. И хотя царь Федор мачехи из Кремля не выживал, переезд в Преображенское случился, по-видимому, ко взаимному удовольствию. Воцарение Петра должно было привести село к запустению — в подмосковной резиденции царь жил наездами. Но Софья со стрельцами внесла свои коррективы. Преображенское стало уже не просто местом обитания вдовствующей царицы с царевичем Петром, а своеобразным убежищем для младшего царя и его матери. Именно здесь пройдут его детство и отрочество. Между тем если вдуматься, то название этого места в контексте петровского царствования придало ему символический характер. Многое, если не все, началось с Преображенского. И становление Реформатора. И дорога к Полтаве. И само преображение России в купели преобразований.
Пребывание в Преображенском вовсе не значит, что юный Петр совсем не появлялся в Кремле. Существовало множество церковных и придворных церемоний, требовавших присутствия монарха. Так, в 1683 году Петр и Иван принимали посольство шведского короля Карла XI. Секретарь посольства Энгельберт Кампфер оставил описание этой аудиенции. Заметим, что взялся секретарь за перо не из праздного любопытства. Это — прямая обязанность дипломатов, бывших в силу своего профессионального занятия неплохими физиономистами и психологами. Вглядываясь в братьев, Кампфер пытался определить характер, темперамент монархов, предугадать их будущность и будущность страны под их властью.
Первое, что поразило секретаря посольства, — несхожесть сводных братьев. На приеме Иван сидел, «надвинув шапку на глаза, опустив глаза в землю, никого не видя… почти неподвижно». Иначе вел себя Петр: «Младший смотрел на всех; лицо у него открытое, красивое; молодая кровь играла в нем, как только обращались к нему с речью… Живость его приводила в замешательство степенных сановников московских. Когда посланник подал верящую грамоту и оба царя должны были встать в одно время, чтобы спросить о королевском здоровье, младший, Петр, не дав времени дядькам приподнять себя и брата, как требовалось этикетом, стремительно вскочил со своего места, сам приподнял царскую шапку и заговорил скороговоркой обычный привет: „Его королевское величество, брат наш Каролус Свейский по здорову ль?“»