Из Казалинска в начале апреля прибыл корабельный инженер флотилии подпоручик А. Г. Бетхер. Во время Русско-турецкой войны 1877–1878 гг. он удачно поднял на Дунае два турецких броненосца, затопленных у Никополя. Попытки вытащить пароход по каткам при помощи талей, браги и трех шпилей с ручным приводом ни к чему не привели. Корпус затянуло илом, и брагу завести не удалось. А строительству плотины мешало быстрое течение, разносившее щиты и мешки с песком.
Матросы работали на 13 ручных помпах. Казахи отливали воду черпаками. Но в плотине обнаружилось много протечек. Через 3 дня на плотину пригнали несколько сот верблюдов. Прогуливаясь туда-сюда, животные так и не смогли утрамбовать плотину. Места протечек огораживали плетнями, забивали мешками с песком и укрепляли вбитыми в грунт жердями.
До 21 ноября круглосуточно качали воду, но уровень её оставался на отметке 2,14 м. К этому времени 25-градусные морозы и пронизывающий ветер прекратили работы, и казахов отпустили по домам.
В 1882 г. предполагалось использовать на откачке воды уже 300 матросов, две баржи и пароход «Сырдарья», а водоотливные средства усилить двумя паровыми помпами с плавучего дока флотилии. Однако небывалое до того весеннее половодье затопило лагуну и повредило плотину. Поэтому от дальнейших работ по подъему «Самарканда» пришлось отказаться.
Из-за мелководности и изменчивости фарватера Сырдарьи пароходные рейсы здесь носили случайный характер, отнимали много времени и обходились очень дорого. Исходя из этого, в 1883 г. Аральскую флотилию пришлось упразднить. Часть её имущества передали Амударьинской флотилии, решение о создании которой последовало в 1885 г. в связи с планами Министерства путей сообщения (МПС) продолжить Закаспийскую железную дорогу до Каахка (до пересечения с Амударьей у Чарджуя), а затем до Самарканда.
Едва ли не самые большие усилия пришлось приложить Петербургу для покорения воинственных текинцев, нападавших на аулы и грабивших караваны. Текинцы — одно из племен туркменов — занимали оазис Ахал-теке, представлявший собою небольшую полосу плодородной земли длиной в 256 км и шириной не более 21 км у подножия хребта Копетдага, от села Кизыл-арвата до села Гяурса. Число оседлых текинцев Ахала до разгрома их в 1881 г. определялось в 18 000 кибиток. Число кибиток кочевых уже после войны равнялось 3300.
В общем, текинцы в 1880 г. не превышали 105 000 душ обоего пола. Кроме скотоводства и зачатков земледелия, джигиты промышляли разбоем и грабежом в Персии, Хиве и Бухаре.