Губернатор И. И. Неплюев в 1742 г. объехал линию, назначил места сел и как укрепить их для обороны от бандитов Степи, снабдил всех гарнизонами и артиллерией. Оренбург он переименовал в Орскую крепость, приказал укрепить ее валом с бастионами, но счел неудобной для торговли и выбрал для этого место на 266 км ниже по течению Яика, в угол при слиянии с притоком Сакмарой, основал тут новую крепость и назвал ее опять престижным именем Оренбург. Эту крепость укрепили рвом и облицованным камнем валом в окружности около 5 км. Неплюев привлекал сюда купцов из Самары и других мест, ютился в землянке и вошел во вновь построенный свой командирский дом не ранее как другие начали жить в своих домах, а гарнизон — в казармах. После этого он уже не возвращался более в Самару, или в Русь, как тогда говорили казаки.
После объединения в 1742 г. Уфимской, Ставропольской и Исетской провинций в Оренбургскую губернию 1360 исетских казаков пополнили камскими и уфимскими. В крепости Челябинская находился атаман Исетского казачьего войска. Сюда же добавили «смоленскую шляхту» (военнопленных, со времен Ливонской войны живших в районе Самары). С юга России в край переселили 849 добровольцев, 1000 городовых казаков перевели с белгородской черты, симбирской, царицынской и других укрепленных линий.
В 1748 г. из всех казачьих формирований края создали Оренбургское нерегулярное войско в составе: Оренбургского нерегулярного корпуса, оренбургских казаков из крепостей на реках Яике и Самаре, казаков Ставропольского края, Уфимской и Исетской провинций. Всего войско насчитывало 4493 станичников, подавляющее большинство которых составляли казаки и около четверти — калмыки, башкиры, татары и другие коренные народы.
В начале Оренбург населяли лишь строители и казаки. Несмотря на предложенные льготы в торговле, купцы не спешили прибывать из Руси на эту отдаленную украйну с суровым континентальным климатом и опасным соседством непокорных еще кочевников. Под конец правления Неплюева, то есть к 1755 г., в городе жили 29 купцов, явившихся сюда после длительных уговоров и принуждений из Уфы и Самары. Купцы присылали на торги только своих приказчиков, а сами долго еще не решались приезжать в Оренбург. Дальнейшему развитию торговли стало угрожать легкомыслие русских, которые, обманывая азиатов, привели рынок в упадок.
В 1755 г. восстали башкиры, так как ревнители пророка Магомета не могли более переносить подчинения православным. Вождем стал мулла Батырша. Губернатор И. И. Неплюев, как нарочно, сильно занемог в это время. Но, несмотря на болезнь, он послал приказы в крепости по линии, чтоб готовились к обороне и атаковали бунтовщиков.