Губернатор велел немедленно выслать с Яика 1000 казаков, двинул внутрь Башкирии три полка с приказом не щадить ни людей, ни жилищ для внушения страха. Написал, чтобы прислали четыре полка из Казани.
Так как башкиры надеялись на казахов, Неплюев написал наместнику Калмыцкого ханства Дундуку, чтобы прислал 1000 калмыков против казахов, которых калмыки страшно ненавидели. Написал к донскому атаману, чтоб прислал 1000 казаков. Кроме того, 1000 оренбургских станичников и 500 ставропольских крещеных калмыков отправились в те места по линии, где ожидалось нападения.
К казахам И. И. Неплюев отправил на татарском языке подметные письма от имени жившего в Оренбурге знатного мусульманина, пользовавшегося особенным уважением. В письмах предупреждалось о вероломности и коварстве башкир и предостерегалось, чтобы казахи, оказав им помощь, не стали первой их жертвой. А между башкирами разбросали такие же подметные письма с увещанием прекратить бунт. В грамотах от своего имени Неплюев обещал 1000 рублей тому, кто поймает и приведет Батыршу, и 500 рублей за поимку 10 лучших его последователей.
Но прежде чем войска империи двинулись с места, башкиры погубили много русских, причем со страшной свирепостью резали в куски тело несчастного, попавшегося им в руки. Сильное сопротивление бунтарям оказали тептери и мещеряки; когда же пришли русские полки, то башкирам, численностью вместе с женами и детьми более 50 000 душ, пришлось перебраться за Яик к казахам.
Неплюев послал в Орду грамоты, в которых требовал, чтоб они выдали бежавших к ним башкир мужчин или выгнали их, а жен, дочерей и все имущество взяли себе. Казахи немедленно исполнили это. Многие башкиры погибли, защищая своих жен и дочерей, другие побежали назад, и Неплюев велел пропускать их, чтоб они рассказали своим, как полагаться на казахов. Толпа башкир явилась после того к Неплюеву за разрешением отомстить обидчикам. Неплюев не позволил, но переводчики внушили им, что «если вы без спроса разобьете казахов, то думаем, что взыску с вас не будет». Башкиры отправились за Яик и опустошили улусы казахов. «Сие происшествие, — писал Неплюев, — положило такую вражду между этими мятежными народами, что Россия навсегда от согласия их может быть безопасна».
Коренное население края составляли казаки Яика. Затем к ним добавили волгских станичников из Самары и городовых казаков из Уфы. Так что Оренбург вначале был преимущественно городом казаков. Несколько позднее для работы на промыслах и заводах сюда стали сгонять государственных крестьян. К 1760 г. в казачьей слободе города и в рабочем поселке насчитывалось 2866 домов при девяти церковных приходах. Казаки занимали также укрепленный меновой двор, вынесенный недалеко в степь с амбарами для товаров и даже с церковью.