Вместе с тем число приверженцев ислама постепенно росло, и исламская проповедь достигла такого размаха, что остановить её не смогло даже возвращение к власти несториан и язычников (Менгу-Тимур, Тула-Буга, Туда-Менгу и Токта). Лишь в период правления хана Узбека (1312–1341), вступившего на престол язычником, а позднее ставшего мусульманином, ислам был объявлен государственной религией. В 1320–1321 гг. он получил мусульманское имя султан Мухаммад Узбек-хан. Все последующие золотоордынские правители были мусульманами.
Несмотря на это в городах Поволжья наряду с мечетями строились и церкви, и синагоги. Создав великую империю, монгольские правители стремились сплотить всех своих подданных в единую общность, и поэтому традиции веротерпимости поддерживались ими во все времена. Буддизм, шаманизм и христианство сосуществовали с исламом. Нередко приверженцы этих верований выдвигались на высокие государственные посты.
В районах, где преобладало православное христианство, церковь получила определённые льготы уже в годы правления хана Бату. В 1263 г. хан Берке учредил в столице государства Сарае православную епархию. При хане Менгу-Тимуре митрополит Кирилл получил ярлык «об освобождении их от всякой дани и налогов, об уважении богослужения их и об удержании татарских чиновников от обид им и утеснения» (около 1267 г.). По этому и другим подобным ярлыкам оскорбление церкви и уничтожение церковного имущества каралось смертной казнью. Ярлыки также содержали прямое обращение к русским князьям с призывом уважать привилегии церкви.
Татарские государства XV–XVI вв. После распада Золотой Орды в XV веке на огромной территории от Польши до Западной Сибири возникли разрозненные государственные образования, среди которых были татарские ханства — Крымское, Казанское, Касимовское, Астраханское, Тюменское (позже Сибирское), а также Большая и Ногайская Орды.
Татарские правители отчётливо понимали свою принадлежность к мусульманскому миру, в ханствах существовала разветвлённая система религиозных учреждений. Так, только в Крыму функционировала 21 тысяча соборных и квартальных мечетей. При многих мечетях действовали учебные заведения, общественные библиотеки. К середине XVI века в казанском Кремле было не менее пяти мечетей, при которых существовали учебные заведения.
В ханствах существовала сложная иерархия улемов. В Казанском ханстве глава духовенства избирался из числа сейидов (потомков Пророка Мухаммада). В Крымском ханстве во главе богословов стоял ханафитский шейх-уль-ислам. Религиозные деятели принимали активное участие в решении государственных вопросов, включая определение претендента на ханский престол. Участие в посольских миссиях и занятие государственными делами требовали от них высокого уровня знаний не только в шариатских, но и в других науках. Известно, что последний верховный сейид Казанского ханства Кул-Шариф хорошо разбирался в астрономии, истории, военных и государственных делах, был талантливым писателем и поэтом.