Не 177А-1 выпускались с различными вариантами вооружений – Rustsatzen, которые дополняли стандартное оснащение самолета из одного 7,9-мм пулемета MG 81 в носу, 20-мм пушки MG FF в носовой части нижней гондолы, 13-мм пулеметов MG 131 в верхней, электрифицированной башне и хвостовой установках. Не 177A-1/R1 имел пару 7,9-мм пулеметов МО 81 в задней части гондолы, а у Не 177A-1/R2 там располагался бомбоприцел. Не 177A-1/R3 имел нижнюю, управляемую дистанционно башню. Не 177A-1/R4 имел в хвосте гондолы 13-мм пулемет MG 131, плюс заднюю башню с таким же пулеметом.
28 октября 1942 г генерал-полковник Йешоннек писал Мильху следующее: "Фюрер за последние несколько дней неоднократно касался Не 177, особо подчеркивая, что этот самолет может быть эффективно использован на Восточном фронте, даже в упрощенном варианте. Мысль фюрера в основном относилась к использованию самолета ночью по площадным целям за пределами радиуса действия других самолетов. Дополнительно, полагал фюрер, Не 177 должен использоваться для эскортирования подводных лодок и "прерывателей блокады". Что касалось начала боевого применения, то начать нужно силами одной группы, а остальные самолеты, за исключением необходимых для восполнения потерь группы, должны использоваться для решения второй задачи. Фюрер довольно ясно указал, что серийные Не 177 должны использоваться для решения этих двух задач, а не отвлекаться на другие." В своем ответе от 11 ноября Мильх отмечал: "Не 177 может нести и применять с горизонтального полета все виды "Большего лосося" – Hs 293 и "Фриц"-Х. Учитывая скорость и оборонительное вооружение, следует оценить возможность применения этих вооружений с самолета по удаленным целям на Востоке. В таком варианте самолет сможет использоваться и для прикрытия выхода в море подводных лодок и "прерывателей блокады". Все необходимые приготовления, включая модернизацию под носители "Большого лосося" позволят иметь боеспособную группу к концу января".
Несмотря на большой объем испытаний и доработок. Не 177А-1 тем не менее не годился для боевого использования. Причем проблемы с двигателем осложнялись недостаточной прочностью конструкции. Отчет из Рехлина от 9 октября 1942 г отмечал: "Испытания показали, что прочность крыла Не 177 на треть ниже расчетов "Хейнкеля". Причиной этого является разная жесткость отдельных деталей конструкции, что приводило к деформациям ряда узлов под нагрузкой. Нa "Хейнкеле" это не было вовремя выявлено из-за трудностей со статическими испытаниями такой большой конструкции." В официальной речи на приеме у генерал-люфтцойгмейстера неделей спустя отмечалось, что "он [Хейнкель] знал об этих проблемах. Он также знал, что конструкторское бюро не провело всех необходимых расчетов и доработок." В результате в ноябре 1942 г Хертель вернулся на "Хейнкель" уже в качестве представителя РЛМ и со всей энергией включился в доработку Не 177.