В конце 80-х гг. Щербатов и Орлов стали союзниками, о чем говорит знаменитый памфлет князя «О повреждении нравов в России». Памфлет этот не издавался на родине более ста лет, но в списках начал ходить по рукам сразу после написания. Орловы оказались единственными фаворитами Екатерины II, на головы которых автор не метал громы и молнии. Напротив, Щербатов заявлял, что при них «дела довольно порядочно шли».
И вот теперь Екатерина II вновь звала Алексея в столицу, намереваясь доверить командование флотом. Соблазн был велик. Граф заколебался, он не хотел потерять поддержку московской оппозиции, но и вернуться к делам тоже не терпелось. В ноябре 1787 г. Орлов приехал в столицу сам. Здесь Алексей повел себя очень двойственно: соглашался вернуться на службу при условии получения фельдмаршальского чина. Тогда он бы мог управлять флотом, не имея над собой прямого начальника, кроме императрицы. Условие невыполнимое, ибо эскадра направлялась в помощь севастопольскому флоту под начальство Потемкина, поэтому Екатерина не могла пойти на удовлетворение просьбы графа.
Между тем Орлов выдал себя, проявив к подготовке эскадры излишнюю заинтересованность. «Граф Чесменский ездил недавно в Кронштадт для осмотра приготовляющихся к походу кораблей», — доносил на юг управляющий Потемкина в Петербурге М. А. Гарновский. В одном из январских писем нового 1788 г. Екатерина рассказывала светлейшему князю: «Графы Орловы отказались ехать во флот, а после… граф Алексей Григорьевич сюда приезжал и весьма заботился о сем отправлении флота и его снабжении; но как они отказались от той службы, то я не рассудила за нужное входить уже во многие подробности… почитая за ненужное толковать о том с неслужащими людьми». В словах императрицы слышится обида, она как бы отгородилась от дельных советов Алексея Григорьевича глухой стеной, решив, что он в трудный для страны момент занят личными амбициями. Алексей сам загнал себя в угол и, поняв это рассердился еще больше. «Просил паспорт ехать за границу к водам, — заканчивает рассказ Екатерина, — но, не взяв оный, уехал к Москве». Последний поступок Алексея говорил о неуравновешенном состоянии, в котором он пребывал в эти дни.
Какие чувства теперь вызывала у него старая столица? Ради того, чтоб не раздражать ее дворянское общество, он десять лет назад отвернулся от брата. Ради поддержки ее оппозиционных кругов, отказался от политических идей молодости. И что же? Григорий умер в 1783 г. Надежда вернуться в большую политику оказалась иллюзорной. Вскоре он показал обществу Первопрестольной, насколько в действительности невысоко ценит его мнение.