Сообразуясь с международной обстановкой (флот готовили к войне с применением ядерного оружия), в проекте предусмотрели значительный объём мероприятий по противоатомной защите (ПАЗ), к числу которых относились такие, как подкрепление корпуса и надстроек с целью обеспечения безопасного радиуса при «взрыве атомной бомбы среднего калибра» в 2000 м по корпусу и в 3000 м по надстройкам, а также герметизация наружного контура (за исключением машинного и котельного отделений). В рамках обеспечения противоатомной защиты корабль оснащался стационарной системой дегазации и дезактивации, а также системой водяной завесы (СВЗ), которая внедрялась впервые в отечественной практике.
В соответствии с Постановлением СМ СССР от 25 августа 1956 года, предстояло переоборудовать по проекту 31 восемь эскадренных миноносцев проекта 30бис, из расчёта по два корабля на каждый из четырёх флотов.
Вместе с тем, итоги состоявшегося в марте 1957 года рассмотрения технического проекта 31 в структурах ВМФ оказались для разработчиков совершенно неожиданными. Словно в отместку за навязанное в конце 1940-х годов промышленностью вопреки концепции ВМФ и здравому смыслу строительство большой серии уже тогда морально устаревших эскадренных миноносцев проекта 30бис, центральные управления и НИИ ВМФ высказались в отношении технического проекта 31 крайне негативно и критически. Основные претензии предъявлялись к составу вооружения корабля. Так, его зенитное вооружение признавалось явно недостаточным, а отказ от 130-мм артиллерии главного калибра делал корабль беззащитным не только от атак авиации, но и от надводного противника.
Отмечалось также, что образцы разведывательной аппаратуры в морском исполнении всё ещё находились в стадии разработки, а их береговые варианты, параметры и массово-габаритные характеристики которых закладывались проектантом в документацию, отличались как весьма громоздким для размещения на борту эсминца исполнением, так и ненадёжностью в работе. В итоге, от этого варианта переоборудования корабля пришлось отказаться.
Тем не менее задачу переоборудования никто не отменял, и работы по проекту 31, отныне именовавшемуся «проектом комплексной модернизации ЭМ проекта 30бис», продолжили в рамках уже откорректированного ТТЗ, утверЖДённого вМф вскоре после упомянутого разгромного рассмотрения технического проекта 31. Новая разработка предусматривала совмещение задач усиления противолодочного вооружения и оснащения эсминца средствами радиотехнической разведки (РТР).
В итоговом варианте сохранивший прежнее обозначение «технический проект 31» объединил две предыдущие разработки: ЦКБ-53 – в части усиления средств ПВО и ЦКБ-57 – по усилению противолодочного вооружения эсминцев проекта 30бис. Состав вооружения вновь был изменён: при сохранении 130-мм артиллерии прежние штатные для кораблей проекта 30бис зенитные артиллерийские установки заменялись тремя одноорудийными 57-мм АУ ЗИФ- 71 и двумя спаренными АУ ЗИФ-З1