Теоретически подобная система должна была обеспечить высокую надёжность, но и она иногда оказывалась причиной нештатных ситуаций. Так, 6 июля 1981 г. потерпел аварию самолёт Як-38, пилотируемый лётчиком ВВС СФ старшим лейтенантом Евграфовым. На пятой секунде после взлёта по вертикали у самолёта появился пикирующий момент. Несмотря на прилагаемые лётчиком усилия, самолёт продолжал опускать нос. Система автоматического катапультирования СК-ЭМ сработала на высоте 4 м с углом тангажа 27 град, и выбросила лётчика. Самолёт с углом 90 град, столкнулся с ВПП. Причина аварии: рассогласование усилий систем синхронизации тяг двигателей силовой установки вследствие конструктивно-производственных недостатков. 28 июля 1986 г. произошла катастрофа самолёта Як-38, на этот раз при заходе на посадку. Проход ДПРС выполнен в нормальном режиме с вертикальным положением сопла ПМД. На удалении 1,5 км от аэродрома и поступательной скорости 100 км/ч самолёт перешёл на снижение и с углом тангажа 41 град, столкнулся с землёй. Система СК-ЭМ не сработала. Катастрофа произошла из-за изменения режимов работы ПД вследствие рассогласования тяги обратной связи системы управления двигателя по причине КПН.
Система автоматического управления самолетом включала два автопилота, в качестве датчиков для них использовалась инерциальная курсо- вертикаль ИКВ-2 и невыбиваемая курсовертикаль НКВ-2. Кроме того, с САУ взаимодействовала пилотаж- но-навигационная система. Совместную работу САУ и лётчика обеспечивали рулевые агрегаты (РАУ), выполненные в виде раздвижных тяг, установленных в проводку управления самолётом последовательно, и другие устройства.
Система автоматического управления имела режимы работы: ВВП; "демпфер"; "стабилизация", "совмещённое управление".
В первый режим САУ переходила автоматически при переводе сопла ПМД в вертикальное положение (на углах 60-65 град, от вертикали) или включалась лётчиком. Стабилизировались крен и тангаж, которые были в момент включения.
Режим "Демпфер" обеспечивал гашение короткопериодических колебаний, особенно в болтанку.
В режиме стабилизации подканалы крена и тангажа работали в режиме "Демпфер" и стабилизировали крен, тангаж и курс, которые были в момент включения.
При использовании режима работы "Совмещённое управление" лётчик пилотируя самолёт вручную, выводил его в новое положение (на новый курс и т.п.) и отпускал кнопку "Совм. упр", после чего самолёт стабилизировался с новыми углами крена, тангажа и курса.
Кабина лётчика была обеспечена необходимыми средствами жизнеобеспечения, в том числе и созданной для Як-36М катапультной установкой К-36ВМ, электрической системой автоматического катапультирования СК- ЭМ, устройством отделения откидной части фонаря, бортовой системой управления катапультированием, механизмом сброса левой руки лётчика с РУД .