Наряду с сухопутными силами на Дону создавался собственный флот, составленный из оставшихся маневренных пассажирских судов, которые обшивались стальными листами и на которых устанавливались соответствующие легкие орудия и пулеметы. В Таганроге из моряков Азовской флотилии был сформирован даже батальон береговой защиты. К лету 1918 года в составе Донского флота находились 3 морских и 5 речных судов, готовых к выполнению тактических боевых задач. В Новочеркасске открылось военное училище с рядом профильных направлений обучения, традиционных для военных училищ прежних лет, выпускавшее пехотинцев, артиллеристов, инженеров и кавалеристов. В короткий срок были открыты авиационные и офицерские школы, а также Донской кадетский корпус для детей донских воинов, павших в Великой и гражданской войнах. По соглашению с Германией, Дон поучил также некоторое число боеприпасов: 11 тыс. винтовок, 44 орудия, 88 пулеметов, 100 тысяч снарядов и десяток миллионов патронов. Для пошива форменной одежды была вновь пущена суконная фабрика, военно-ремесленные школы продолжили выпуск погон, фуражек, кокард, пуговиц и обуви для Донской армии.
Краснов распорядился внести дополнения и исправления в уставы и наставления бывшей Императорской армии, для подготовки их новых изданий с учетом практического опыта Великой войны и внедрении их в повседневную жизнь донского войска.
Именно с Красновым было необходимо начинать переговоры, ибо из всех располагавшихся на Дону сил, включая германские, донцы для Добровольческой армии оставались наиболее естественными и близкими по задачам союзниками. Прогерманская ориентация Краснова существенно отягощала взаимоотношения штаба Деникина и донского атамана. Генерал А. П. Богаевский подверг резкой критике заигрывания избранного атамана с германцами. Его стараниями первое письмо Краснова германскому императору было опубликовано и вызвало возмущение в военной и политической среде, а Кубанская Рада, упомянутая в этом письме как единомышленник, поспешила от него отказаться. Однако экономические соображения взяли верх над политикой, и Деникин командировал генерала Алексеева 15 мая 1918 года как главного концептуалиста движения на встречу с Красновым, в которой помимо них приняли участие кубанский генерал Александр Петрович Филимонов и генерал Африкан Петрович Богаевский в станице Маныческая. Встреча эта был прозвана в Добровольческой армии «Тильзитом». Краснов сразу же заявил Алексееву, что не в состоянии разрешить казакам полностью влиться в добровольческие вооруженные формирования, поскольку это может найти негативный отклик в Германии, отношениями с которой Краснов подчеркнуто дорожил. Более того, размещенные по соседству с территорией ВВД германские части ввиду такого поворота событий могли расценить слияние двух армий как потенциально опасное для своего присутствия в регионе, а провоцировать какие-либо вооруженные столкновения с германцами атаман не желал. На вопрос Алексеева «что же делать?», Краснов предложил: «…Дон даст средства, но тогда Добровольческая армия должна подчиниться мне». «Добровольческая армия, — парировал Алексеев, — Не нанимается на службу. Она выполняет общегосударственную задачу и не может поэтому подчиниться местной власти, над которой довлеют областные интересы». Краснов предложил в ответ добровольцам двинуться на Царицын, однако Алексеев практической цели подобного марша не понимал и попытался понять суть предлагаемого Красновым плана.