Конгресс открылся 13 июня 1878 года в Берлине. Представители балканских государств были на него допущены, но не в качестве полноправных членов конгресса. Делегации великих держав возглавлялись министрами иностранных дел или же премьерами. Председательствовал на конгрессе в качестве хозяина Бисмарк, который объявил себя лишь нейтральным посредником, но на деле поддерживал требования Австро-Венгрии и Англии, вынудив Россию принять большую их часть.
Берлинский трактат во многом свел на нет Сан-Стефанский договор. Приобретения России сводились к Карсу, Ардагану и Батуму. Баязетский округ и Армения до Саганлуга возвращались Турции. Территория Болгарского княжества урезывалась вдвое. Сербия, получившая незначительное приращение, разочаровалась в России и вошла в орбиту австрийской политики. России было предоставлено право оккупировать Болгарию и Восточную Румелию лишь в продолжение 9 месяцев со дня подписания мира. В это время наши армия активно боролась с турецкими партизанами, засевшими в Балканских горах, и помогала Софии в организации болгарской армии, получившей русских инструкторов и командиров, русское оружие и русское обмундирование.
Однако самая большая ошибка, которую была допущена русской дипломатией на Берлинском конгрессе, явилась ее позиция в отношении организации болгарского государства. Александр II рассчитывал на то, что южные славяне, само по себе, разумеется, автоматически станут русским форпостом на Балканах, поэтому он вовсе не стремился к установлению российского протектората над отвоеванными у Турции территориями, а сам настаивал на образовании независимого болгарского государства. По этому поводу Бисмарк писал в своих мемуарах:
«Русская традиционная политика, опирающаяся частично на религиозное, частично на кровное родство, исходящая из мысли, что румын, болгар, греков, иногда римско-католических сербов, живущих под разными именами по обеим сторонам австро-венгерской границы, следует освободить от турецкого ярма и тем самым привязать к России, не оправдалась... Освобожденные народы неблагодарны, они требовательны».
В результате в Берлине под влиянием славянофильских сказок Россия без особых возражений даже согласилась существенно ограничить срок пребывания русских войск в Болгарии с двух лет, как это предусматривалось в Сан-Стефанском договоре, всего до девяти месяцев. В то время как сроки оккупации Боснии и Герцеговины австрийскими войсками вообще не были оговорены в решениях конференции. Именно это обстоятельство со временем и позволило Вене аннексировать эти территории, что, в свою очередь, привело к взрыву негодования местного сербского населения, убийству в Сараево эрцгерцога Франца-Фердинанда и началу Первой мировой войны.