Бонифаций не отступил перед этим хитроумным натиском и отправил своих легатов во Францию, которые должны были заставить французское духовенство подчиниться его требованиям. Последовали жаркие споры, после чего король, его супруга и сын публично обратились за поддержкой к духовенству, выступавшему за независимость Франции. Противостояние постепенно превращалось в фарс. Король перехватил папскую буллу, в которой Бонифаций хотел объявить о его отлучении от церкви, и отлучение было предотвращено. В этот момент Бонифаций окончательно потерял контроль над собой и, ссылаясь на «Константинов дар», который якобы давал ему право назначать и свергать королей, предложил французский трон австрийскому императору Альберту.
Ссора зашла слишком далеко, и никто не хотел уступать. Тогда в борьбе с 84-летним понтификом Филипп применил хитроумную уловку. Придерживаясь принципа, что «враг моего врага — мой друг», он предоставил убежище семье Колонна, которая была личным врагом Бонифация. Ногаре отправился в Италию вместе с Чьярой Колонна и тремя сотнями всадников, а утром 7 сентября 1303 года были наняты «французские патриоты», устроившие беспорядки у ворот папской резиденции в Ананьи.
Подкупленный слуга открыл ворота и впустил «патриотов» внутрь, где они принялись обыскивать резиденцию папы с криками: «Да здравствует король Франции! Смерть Бонифацию!» Под прикрытием этой диверсии Колонна со своими итальянцами пробился в покои папы, где тот, облаченный в свою мантию, стоял на коленях перед алтарем и готовился принять смерть. Итальянцы не посмели поднять руку на папу, но продержали его в плену три дня, подвергая побоям и издевательствам. В конечном итоге Бонифация освободили жители Ананьи, которые выбили французов из папской резиденции.
Филиппу не удалось захватить папу, но он все равно созвал в Париже Генеральные Штаты, чтобы судить Бонифация в его отсутствие. Были повторены все предыдущие обвинения, а также добавлены новые — в ереси, в отрицании жизни после смерти и в убийстве своего предшественника папы Целестина V. Однако Бонифаций умер во время припадка — вероятно, вызванного тяготами заточения, — вскоре после возвращения в Рим, и эти обвинения так и не прозвучали в суде .[140]
К моменту смерти папы Бонифация церковь раздирали серьезные теологические и политические противоречия. Римско-католическая церковь всегда заявляла о своем праве управлять мирскими делами, поскольку ее иерархи являлись представителями власти Христа на земле. Она утверждала, что епископы и священники должны обеспечивать владычество Христа в делах всех народов и что папа является верховным владыкой мира; верховенство понтифика являлось одной из основ католической веры.