Победа Иоанна означала и победу исихазма, выступавшего против всякого компромисса с католицизмом. Начиная с 1351 г., когда исихазм стал официальной доктриной византийской церкви, на первый план выступили ее консервативные антизападные устремления, что оказало значительное влияние на последний век развития византийской политики и культуры, особенно в отношении к западному христианству и его культуре. Политическое и экономическое положение Византии теперь сделалось попросту отчаянным. Пользуясь слабостью империи, сербский царь Стефан присоединил Албанию, восточную Македонию и Фессалию. К этому времени в составе Византии оставались лишь область Фракии возле Константинополя, округ Фессалоник, часть Пелопоннеса и северные эгейские острова. Однако каждый из этих районов фактически был уже в той или иной мере самостоятельным, и они числились в составе империи скорее номинально, по традиции. Междоусобные войны подорвали экономику и этих районов, так что там с трудом собирали даже невысокие налоги. Характерный факт: годовой доход Галаты, генуэзской торговой колонии, расположенной на противоположном от Константинополя берегу Золотого Рога, в семь раз превышал доход имперской столицы.
Начиная с 1350-х гг. у империи появился в Европе новый враг. Оттоманы проникли на континент в 1344 г. по приглашению Кантакузена, искавшего у них поддержки против Иоанна V. В итоге они принялись закрепляться в Европе и в 1360-х гг. захватили основные города Фракии, а в 1387 г. Фессалоники. К началу XV в. в Греции за империей оставалось только Морейское княжество и несколько Эгейских островов.
Вообще же история имперских земель после 1204 г. трудно поддается описанию, поскольку их по прямой и боковым линиям наследовали разные владетели, они доставались разным лицам вследствие брака, их завоевывали ближние и более дальние соседи империи, затем снова отвоевывали императоры и т. д. Хорошим примером может послужить история островов. После 1204 г. значительная часть южных Эгейских островов попала под власть Венеции, и, хотя власть в Византии была в XIII в. временно восстановлена, Наксос оставался центром латинского герцогства Архипелага, основанного в 1207 г. на Кикладах родичем венецианских дожей Марко Санудо, располагавшим отрядом склонных к пиратству торговцев и дворян. Поначалу герцогство считалось вассалом Латинской империи, но потом оно перешло под власть Ахейи (1261), затем — Неаполя (с 1267 г.), хотя на него претендовала и Венеция. В 1385 г. на смену династии Санудо пришла лангобардская династия Криспи, которая сохраняла независимость герцогства вплоть до середины XVI в., когда оно было завоевано турками. Другими островами в разное время владели венецианцы, генуэзцы, рыцари ордена госпитальеров и, наконец, турки. Остров Родос играл видную роль в борьбе рыцарей-госпитальеров против оттоманов в период с 1309 г. и до падения в 1523 г., когда рыцарям было разрешено переселиться на Мальту. Находящийся в северной части Эгейского моря Лемнос оставался византийским до 1453 г., после чего на некоторое время перешел во власть правившего на Лесбосе (чья независимость от оттоманов закончилась в 1462 г.) семейства Гаттилузи. В 1460 г. вместе с Фасосом, сдавшимся туркам в 1465 г., он стал собственностью Димитрия Палеолога, бывшего деспота, то есть правителя княжества Морея, а в 1479 г. перешел во власть турок. Другие острова имели не менее пеструю историю. Наксос и Хиос были завоеваны только в 1566 г., а Тенедос оставался у венецианцев до 1715 г.