Отсутствию Берии на пленуме предлагается и другое объяснение: 2 июля его земная жизнь завершилась досрочно. Известно, что в разговоре с прибывшим на пленум первым секретарем ЦК компартии Грузии А. Мирцхулавой Хрущев намекнул, что Лаврентия уже нет в живых. Дескать, не дергайтесь, защищать некого. Может, конечно, Никита Сергеевич и лукавил, чтобы нейтрализовать представителей Грузии, а может — и нет. Признание о ликвидации Берии к пленуму ЦК он позднее сделал и нескольким представителям зарубежных компартий.
Анализ стенограммы пленума ЦК дает некоторые аргументы в поддержку подобной версии. Так, 3 июля обычно очень осторожный в своих высказываниях Лазарь Каганович произнес с трибуны такие примечательные фразы: «…Одним махом прихлопнули этого подлеца навсегда», «Центральный Комитет уничтожил авантюриста Берия», «мы очистились от погани, мы очистились от крупного провокатора», «ликвидировав этого предателя Берия». Аналогично можно трактовать и слова Хрущева, сказанные в первый день работы пленума: «Взмах он взял большой, но сорвался и разбился, дух выпустил».
Сенсационное признание сделал недавно бывший начальник особой кухни Кремля Геннадий Коломейцев. Он утверждал, что Берию никуда не вывозили из Кремля после ареста и несколько дней держали в подземном помещении. Коломейцев лично доставлял ему туда пищу по рациону… члена Президиума ЦК(!): «Из чекистов допускали только нас. Мы его питали, потому что было указание: питать, как прежде. Был какой-то видимо сигнал, кого-то устраивало, если б Берию отравили до трибунала. Еду привозили в термосах, под пломбой. Выглядел он, конечно, плохо. Он похудел, стал какой-то желтый — видимо, без воздуха». В Кремле, по версии Коломейцева, Берию и расстреляли, труп завернули в брезент, вывезли на машине и где-то кремировали…
Свидетельств о последних месяцах жизни Берии, июль — декабрь, крайне мало. Лица, охранявшие арестованного члена Политбюро, следователи, судьи — все предпочитали хранить молчание. Даже после распада СССР, когда за доллары продавались многие государственной тайны погибшей державы, новых свидетельств не прибавилось. Некоторые исследователи предполагают, что арестованного застрелили в конце августа или сентябре 53-го, сразу же по окончанию следствия. Но это — гипотеза… Наиболее распространенной в общественном сознании остается трактовка событий, появившаяся во времена правления Хрущева — она выглядит весьма правдоподобно и вроде бы логично.
26 июня в повестке дня заседания Совета министров среди прочих значился вопрос о предстоящих военных учениях, поэтому появление в Кремле большой группы армейских генералов не могло насторожить сотрудников 10-го управления МВД (комендатура Кремля), которое Берия курировал лично. Но, войдя в зал заседаний, военные арестовали ни о чем не подозревавшего Берию. Это, по утверждениям Хрущева, выглядело так. Председательствовавший на заседании Совмина Маленков обратился к Жукову: «Товарищ Маршал Советского Союза, предлагаю вам от имени Советского правительства задержать Берию». Маршал приказал Лаврентию Павловичу поднять руки вверх. Генералы, достав спрятанные пистолеты, увели его в комнату отдыха, расположенную за кабинетом.