Не все до конца ясно и с позицией самого главы правительства. Знакомство с документами приводит к неожиданному выводу: еще утром 26 июня Маленков, возможно, намеревался сохранить жизнь своему бывшему соратнику. В Архиве Президента России имеется черновая запись наброска его выступления на заседании Президиума ЦК, написанная 25 или 26 июня. Пункт 56 гласил: «От поста зама [председателя Совета министров СССР] — освободить назнач[ить] мин[истром] нефт[яной] промышленности]…».
Информация о последних днях Берии на свободе также весьма противоречива. По одним свидетельствам, в третьей декаде июня он был в Москве, по другим — в ГДР и вернулся в Москву только 25-го или даже утром 26-го.
В восстановлении картины событий не прибавляют ясности и воспоминания маршала Жукова, оставившего потомкам две версии июньского ареста. По одной из них 25 июня его пригласил секретарь ЦК Хрущев и в присутствии Маленкова обратился с предложением арестовать Берию; тогда же было решено привлечь к операции Москаленко и Батицкого. По другой версии поручение арестовать Берию Жуков получил 26 июня, буквально за несколько часов до заседания Президиума Совмина, в кабинете главы правительства, куда его привез министр обороны Булганин. В присутствии Хрущева, Микояна, Молотова и других членов Президиума Маленков поручил Георгию Константиновичу осуществить арест Берии, который, дескать, стремится захватить власть в стране. Жуков действовал вместе с Батицким, Москаленко и Неделиным, а Серов нейтрализовывал охрану Берии. В кабинет Маленкова, где проходило заседание, они были вызваны в первом часу дня — спустя час после его начала — по звонку. Жуков лихо скрутил Берию и отвел в соседнюю комнату, где его продержали до 22-х часов, а затем, замотав в ковер, вывезли на машине в бункер Московского военного округа.
Что происходило в кабинете Маленкова с 12 до 13 часов, точно неизвестно. После ареста Берии в его портфеле нашли листок бумаги, где красным карандашом несколько раз было написано слово «Тревога». Наверное, после начала заседания он понял, что его соратники что-то замышляют, и хотел предупредить охрану. Но, думается, вряд ли кто бы сумел ему помешать внезапно встать и выбежать из кабинета в приемную, где его ждала верная личная охрана. В этом случае дальнейший ход событий был бы непредсказуем…
Есть много других неясностей. Днем 27 июня на гауптвахту Московского гарнизона, где первоначально разместили Берию, приехали оба его первых заместителя — Круглов и Серов, которые, сославшись на указание Хрущева и Маленкова, хотели совместно с Москаленко начать следствие. Чтобы убедиться в полномочиях генералов МВД, Кирилл Семенович позвонил в Большой театр, где члены Президиума ЦК присутствовали на премьере «Декабристов». Маленков приказал Москаленко вместе с представителями МВД приехать в театр, где в антракте прошло импровизированное совещание членов Президиума. Решили, что следствие будет вести новый Генеральный прокурор в присутствии Москаленко. Берию, на всякий случай, перевели в бункер во дворе штаба МВО.