Действовали генералы МВД по своей инициативе или кто-то направлял их к Берии — неизвестно. Кстати, Круглов вскоре стал министром внутренних дел, а Серов — председателем КГБ при Совете министров СССР.
Уже после распада Союза появилась принципиально иная версия событий, выдвинутая сыном Берии. Серго Лаврентьевич заявил, что его отец был убит 26 июня в своем одноэтажном особняке на улице Качалова (Малой Никитской). По утверждению сына, Лаврентий Павлович ездил в Кремль, но заседание почему-то не состоялось, он вернулся домой обедать. Там, в кабинете, его и застрелили какие-то люди в военной форме, а труп вынесли на закрытых брезентом носилках. Сын Берии утверждал, что два высокопоставленных партийных деятеля, являвшихся членами суда — председатель ВЦСПС Н. Шверник и первый секретарь Московского обкома КПСС Н. Михайлов — признались ему, что после июня 53-го не видели его отца живым.
Автор ряда книг об отечественной истории Николай Зенькович приводит в подтверждение рассказа Серго Берии воспоминания офицера госбезопасности Сергея Красикова, который 26 июня дежурил у Спасских ворот. Тот утверждал, что днем через эти ворота Кремль покинула машина Хрущева, в салоне которой помимо Никиты Сергеевича находились мирно беседующие Берия, Булганин и Маленков. По указанию Серова Красиков остановил машину с личной охраной Берии, и первый заместитель министра внутренних дел приказал ей вернуться в ГОН (гараж особого назначения). Машины с охранниками других советских руководителей беспрепятственно проехали за машиной Хрущева. Возможно, четвертка направилась обедать к Берии… Про остальное рассказал его сын.
В середине 90-х годов в одном еженедельнике было опубликовано интервью с неким доктором технических наук, который молодым человеком в июне 53-го проходил подготовку в спецшколе МВД под Москвой и был привлечен к операции по нейтрализации Берии, якобы готовившего антиправительственный переворот. Спецгруппа МВД застрелила Лаврентия Павловича 26 июня в его особняке, собранные там документы оказались в распоряжении Круглова.
Версия ставит под сомнение достоверность всех документов следствия, воспоминания военачальников и сам факт расстрела 23 декабря — это маловероятно. Тем более, что уцелели три записки арестованного Берии, направленные им членам Президиума ЦК в период 28 июня — 2 июля, т. е. накануне и в период работы пленума ЦК, протоколы допросов в июле — августе. Вряд ли можно было привлечь к фальсификации большое количество людей. Сохранились и те, кто летом 53-го охранял арестованного Берию в «бункере»… Наличие взаимоисключающих версий свидетельствует, что до сих пор существуют некие силы, заинтересованные в сокрытии истинной судьбы одного из соратников Сталина. Это, кстати, наводит на дерзкую мысль, что мог быть еще один, почти фантастический вариант развития событий, на который как-то вскользь намекнул сын Берии. Речь идет о возможности тайного выезда Лаврентия Павловича в Латинскую Америку, где уже скрывалось немало нацистских преступников.