Вероятно, Климент был первым римским епископом (90–97), который вмешивался во внутренние дела другой церкви. Провозглашенный Павлом в коринфской церкви в конце I века раскол наступил, и епископ обратился к Риму с тем, чтобы призвать к порядку верующих. Римский епископ в своем письме выразил согласие со своим коллегой и поддержал его. Во II веке римская община уже была сильной и многочисленной и притягивала к себе другие церкви. В отношении епископа Эвариста (97—105) известно, что он был избран всеми членами римской церковной общины. Вообще в первые века епископов избирал народ совместно с формирующимся клиром. Епископом мог быть избран любой из присутствующих верующих. (Важно также, что нельзя было избрать епископом лицо, принадлежащее к другой церкви. Позднее избираемыми могли быть только епископы клира, соответственно кто-то из епископов метропольной провинции.) В первые века избранными оказывались простые попы (священники) или диаконы. Только начиная с IV века становится системой, что на вакантное место епископа избирался, как правило, архидиакон, бывший до того помощником епископа, он и становился его преемником. Это одновременно означало укрепление иерархии и появление определенного элемента преемственности по наследованию. О епископе Александре (105–115) известно, что он происходил из аристократической римской семьи. А это уже признак того, что шел процесс социального расслоения римской католической общины.
На время избрания епископа Пия I (140–155) приходится первый раскол римской церкви. Связано это было с тем, что при выборах голоса разделились между двумя кандидатами и получивший большинство голосов Пий выступил в защиту официального учения против своего соперника, представлявшего лжеучение. Несмотря на то что в то время большинство епископов выходило из уже располагавших авторитетом пресвитеров, не всегда было ясно, который из них представляет истинное учение. Так, например, об епископе Элевтерии (174–189?) сохранилось мнение, что, даже будучи епископом, он делал послабления еретичеству.
В III веке в источниках уже с большей определенностью сообщается об отдельных римских епископах, хотя их хронология по-прежнему остается неточной. Подвизавшийся при римском императоре Септимие Севере (193–211) епископ Виктор (189–199) уже проявлял себя как более или менее самостоятельный церковный правитель. В это время римская церковь за счет вступления в нее знатных и богатых людей заметно обогатилась. Диаконы распределяли милостыню среди бедных христиан; руководителем диаконов был архидиакон. Не случайно, что до избрания Виктора епископом он сам тоже был архидиаконом. Римский епископ Виктор резко выступил против восточных церквей в споре о пасхе. В Риме и на Западе пятницу, следовавшую за 14 нисана (апреля), отмечали как великую пятницу — смерть Иисуса на кресте, а в воскресенье (пасху) праздновали его воскресение. На Востоке же 14 нисана, на какой бы день недели оно ни падало, отмечалась смерть Христа, а спустя два дня — его воскресение. Виктор, по-видимому, в 196 году собрал в Риме собор с участием 14 итальянских епископов. На нем кодифицировали западный обычай празднования пасхи, распространив его на всю церковь. Однако несколько малоазийских епископов не приняли его, и Эфесский собор решил сохранить старый обычай. Папа за это отлучил малоазийских епископов от церкви. Приговор показался очень строгим, и некоторые западные епископы, в частности Ириней, не согласились с ним, в связи с чем папа вынужден был уступить. Этот эпизод уже свидетельствовал о стремлении папской власти проводить свою волю и в вопросах догматики.