12 июня 1998 года неподалеку от города Кафарнихон, расположенного в 30 км от Душанбе, во время вооруженного столкновения двух враждующих кланов было убито по меньшей мере 13 человек. Причиной столкновения между кланами, возглавляемыми Назимом Юнусовым и Мулло Касымом Исмати, послужила личная месть. По данным властей, среди погибших был и сам Юнусов.
Вооруженный конфликт в Таджикистане — один из наиболее длительных из всех гражданских войн, произошедших на пространстве бывшего СССР. Продолжавшейся там пять лет гражданской войне положен вроде бы конец подписанием в Москве 27 июня 1997 года Общего соглашения об установлении мира и национального согласия. Однако многие проблемы так и остались нерешенными. Они создают предпосылки для сохранения напряженности и нестабильности в республике.
Гражданская война усилила процесс этнической розни как политически, так и социально-психологически. Страна фактически разделена на две части — одна контролируется правительством, другая — оппозицией. Причем в каждой из них усиливаются региональные сепаратистские тенденции.
Достаточно серьезным препятствием на пути этнической консолидации является устойчивый климат враждебности между кулябским и каратегинским субэтносами. В ходе гражданской войны она приняла экстремальные формы, поскольку обе стороны прибегли к массовому геноциду. Примерно аналогичным образом сложились отношения между кулябским и памирским субэтносами. Внешне более или менее лояльными могут считаться отношения кулябского субэтноса с гиссарским и в меньшей степени — с северными субэтносами. Таким образом, кулябский субэтнос, претендующий на роль политического лидера этнической консолидации, не обладает для этого ни социально-психологическими, ни интеллектуальными возможностями.
Осетино-ингушский конфликт
Корни конфликта между осетинами и ингушами уходят в 1924 год, когда была упразднена Горская автономная социалистическая республика В этой части Северного Кавказа из нее образовались три области — Чеченская, Ингушская и Северо-Осетинская. Пригородный район считался ингушским. Тем временем Чечня и Ингушетия снова стали единой республикой (с 1936 года), а в 1944 году эта республика была упразднена в связи с депортацией чеченцев и ингушей. С территории Пригородного района ингуши были также вывезены, а район официально отошел к Северной Осетии.
Свои территориальные претензии к Северной Осетии, истоки которых лежали в депортации 1944 года и последующих заселениях опустевших земель осетинами и другими народами, ингуши официально предъявили в ноябре 1990 года Тогда Верховный Совет Чечено-Ингушетии принял декларацию, в которой предъявлялся ультиматум: Чечено-Ингушетия подпишет Союзный договор, если ингуши получат Пригородный район Северной Осетии. Горбачевское окружение начало вести с Чечено-Ингушетией тайные переговоры, пытаясь сделать эту автономную республику одной из союзниц руководства СССР.