Только в конце 1996 года начались переговоры, которые стали приносить конкретные результаты. Серьезные военные неудачи и усиление внутренней оппозиции заставили правительство Э. Рахмонова активизировать усилия в деле достижения политического урегулирования, на котором настаивал и Иран. И декабря на встрече в афганском городе Талукан были выработаны основные положения соглашения о политическом урегулировании, а 24 декабря 1996 года в Москве Эмомали Рахмонов, Сайд Абдулло Нури и специальный представитель Генерального секретаря ООН Герд Дитрих Меррем подписали политическое соглашение и протокол к нему. «Объединенная таджикская оппозиция» признала существующий политический и государственный строй Таджикистана, а также статус Э. Рахмонова в качестве президента На пропорциональных началах была образована Комиссия национального примирения, которая действовала в течение полуторагодичного переходного периода Объем ее функций включал возвращение беженцев и реорганизацию государственного аппарата.
Урегулирование конфликтной ситуации в Таджикистане стало основной темой встречи в Бишкеке Э. Рахмонова, лидера «объединенной таджикской оппозиции» С.Л. Нури и представителя Генерального секретаря ООН по Таджикистану Г. Меррема, состоявшейся 16—18мая 1997 года. Тогда была достигнута договоренность о размещении в Душанбе контингента вооруженных формирований оппозиции численностью 460 человек, а также 40 человек для охраны членов Комиссии по национальному примирению.
27 июня 1997 года Рахмонов и Нури в присутствии президента России Б. Ельцина подписали Общее соглашение по установлению мира и национального согласия в республике. Оно подвело итог переговорам и закрепило обязательства сторон по выполнению всех ранее достигнутых договоренностей, направленных на поэтапное и полное урегулирование конфликта. Под документом поставили подписи также главы МИД стран-наблюдателей на межтаджикских переговорах — Ирана, Казахстана, Киргизии, Пакистана, Узбекистана, Туркмении, Афганистана и России, а также представители ООН, ОБСЕ, организации «Исламская конференция».
14 июля 1997 года президент Рахмонов подписал «Акт о взаимопрощении» вслед за лидером оппозиции Нури. В нем говорилось, что все партии и организации, входящие в состав «объединенной оппозиции», также другие партии и общественные организации, если они в дальнейшей своей политической деятельности возьмутся за оружие, будут привлечены к ответственности. В рамках практического осуществления документа все военнопленные и заключенные освобождались из-под стражи.