Митрополит Всея Руси пользовался под властью монгол известной свободой. Перенеся митрополию в Киев, Митрополит Кирилл ездил в Константинополь и присутствовал при открытии Епархии в Сарае. Некоторые историки приписывают основание епархии исключительно его заботам. Бесспорно, что это событие произошло не без его участия. Но церковная организация входила также и в планы ханов Золотой Орды. В управлении христианской страной монголы отдавали явное предпочтение церковной, а не княжеской власти. Митрополит Кирилл присутствовал при открытии Сарайской Епархии, епископом ее был назначен Митрофан и Епархия получила название Сарайской и Подонской.
Христианская Епархия в Крыму и Приазовье существовала с первых веков христианства и центрами ее были города Сурож и Танаис. Теперь центр этих Епархий был перенесен в Сарай, и все население, находившееся в пределах степной полосы, Приазовья и Северного Кавказа, вошло под власть ее Епископа. Основание Епархии в Сарае имело важное значение для русского населения, расселенного между кочевыми народами. Во-первых, власть Епископа объединяла народ, и связывала его с общей церковной организацией всей Руси, так как Епископ был подчинен митрополиту всея Руси. Кроме того, церковная организация пробуждала в народе сознание единства, он являлся уже не безличной массой, рассеянной среди кочевых племен, а народом, общественно организованным, со своей территорией и объединяющей их церковной властью. Под властью монгол церковная организация имела довольно сложную иерархию: кроме Митрополита и епископов, имелись: духовный судья, книжник, законоведец, наставник, настоятель, отшельник, выдатель метрик и благочинный. После открытия Епархии повсюду стали строиться храмы, монастыри, ставилось духовенство, налаживалась Церковная жизнь.
В восстановленном Танаисе поднялись из руин храмы Николая Угодника и Иоанна Предтечи. Во вновь возникшем городке Сиротинске были построены храм и монастырь; строились соборы и во всех Других местах расселения христианского населения: на Гребне, Яике и главным образом в пределах Червленого Яра, по Хопру, Медведице и Вороне. Роль епископа, поставленного в Сарае, имела значение не только для подвластного ему народа, но и для Митрополита и московских князей. Находясь в Ставке хана, Епископ находился в постоянной связи с местными властями и мог служить советником и посредником между монгольскими властями, Митрополитом и русскими князьями, приезжавшими в Ставку по своим делам. Сарайский Епископ стал приобретать еще большее значение после того, как русские князья стали пользоваться в спорных княжеских делах войсками из русского населения, которые давались князьям монголами для борьбы с их противниками. Русские князья своих вооруженных сил иметь не могли, но могли пользоваться войсками монгол. Русские князья в общей государственной организации не могли себя выделять из состава Золотой Орды, и почему вооруженные силы для них могли считаться только те, которые находились под властью ханов. Эти войска, большая часть которых пополнялась русским населением, среди русского народа получили название «низовых войск». Записи» русских летописцев после нашествия монгол продолжались, хотя и очень кратко, в Новгороде. И запись того, что в 1257 году в Новгороде с наказом от татар прибыл Пашененич, с угрозой: «Аще не дадите тагмы, то «низовые полки» уже готовы», показывает на то, что монголы с первых времен своего господства, применяли русские полки против русского народа.