Пока разочарование Перельмана касалось только международного математического истеблишмента. Институт им. Стеклова, а точнее, после разрыва с Юрием Бураго, лаборатория Ладыженской оставалась его убежищем. Перельман возобновил свою деятельность в институте: несколько раз в неделю он посещал семинары и иногда заходил проверить электронную почту.
В месяцы, предшествовавшие лекционной поездке Перельмана в Америку, он поддерживал отношения только с Ольгой Александровной Ладыженской, своим новым напальником. Она умерла в январе 2004 года в возрасте 82 лет. Теперь Григорий Перельман почти ни с кем не говорил. Вскоре после возвращения из США он подготовил последний вариант доказательства гипотезы Пуанкаре, который в июне опубликовал на сайте arXiv. После он, по-видимому, взялся за новую задачу. Перельман, как обычно, воздерживался от ее обсуждения, но, по всей вероятности, теперь он занимался чем-то, что было близко к сфере научных интересов Ольги Ладыженской.
Потом Перельман получил повышение по службе: он стал ведущим научным сотрудником лаборатории математической физики. Обычные кандидаты наук редко получают такую должность. Доброжелатели из Института им. Стеклова советовали Перельману написать докторскую. Процедура могла потребовать публикации результатов и защиты. Перельман идею, естественно, высмеял. "Он считал, что ему это не нужно", — рассказал мне директор Института им. Стеклова Сергей Кисляков. В его тоне слышалось недоумение. Позиция Кислякова, кажется, воплощала все, что Перельмана раздражало. Кисляков желал Перельману добра, но искренне считал, что правила есть правила и что они едины для всех. Это означало, что ведущий научный сотрудник должен взять себя в руки, написать и защитить диссертацию. Перельман же признавал только те правила, которые полагал разумными, а все остальные считал опасными фальшивками.
Между тем Академия наук привела свое здание в порядок, пытаясь после хаоса 1990-х вернуться к былому величию. С одной стороны, ее недвижимость реставрировалась (в здании Института им. Стеклова, например, поменяли трубы и обновили фасад). Зарплаты увеличивались: ведущий научный сотрудник в 2004 году получал уже не сущие гроши, как в начале 1990-х, а около 400 долларов в месяц. Если бы Перельман защитил докторскую, ему платили бы еще больше. С другой стороны, академия теперь требовала от ученых отчетов о работе и публикаций. Перельмана, как и следовало ожидать, приводила в бешенство одна мысль о том, что ему придется корпеть над бумагами, чтобы подтвердить свою профессиональную состоятельность. Григорий Серегин, преемник Ладыженской, взял Перельмана под свою опеку.