Лодка, на которой он служил, находясь в надводном положении близ своих берегов, была атакована вражеским подводным кораблем. Торпеда взорвалась в корме. Командира и тех, кто с ним стоял на мостике, сбросило в воду. Лодка затонула на небольшой глубине. Шиляев в момент взрыва был во втором отсеке. Убедившись, что кормовые отсеки затоплены и люди в них погибли, механик организовал спасение уцелевших моряков из первых трех отсеков. Под его руководством восемь подводников, надев индивидуальные спасательные аппараты, выбрались через рубочный люк на поверхность и, поддерживая друг друга, поплыли к берегу. Вскоре их подобрала шлюпка с сигнально-наблюдательного поста береговой обороны.
Так, избежав благодаря большому самообладанию и отличной профессиональной подготовке гибели на Балтике, Шиляев все же нашел свою кончину в студеном море.
Немного времени спустя нас постигла вторая потеря. Правда, она свелась лишь к одной человеческой жертве, 19 февраля со «Щ-403», находившейся на позиции, пришла радиограмма за подписью помощника командира Шипина: «Лодка таранена в момент погружения миноносцем противника. Разрушена рубка, имеются и другие повреждения. Командир погиб».
На второй день после этого, когда изуродованная «щука» ошвартовалась в базе, нам стали известны подробности недавнего боя и гибели Семена Ивановича Коваленко.
В ночь на девятнадцатое «Щ-403» вела поиск в надводном положении, одновременно заряжая батарею. Вражеский берег простирался в каких-нибудь двух милях от курса лодки. Волна не превышала трех баллов. Временами налетали снежные заряды.
Вдруг сигнальщик и вахтенный командир Шилинский сквозь поредевшую метель одновременно заметили миноносец и сторожевик противника. Корабли находились справа, в темной части горизонта, на дистанции не более двух кабельтовых.
В эти критические секунды судьба лодки оказалась в руках Шилинского, а сам он подвергся наиболее суровой проверке, какая только может выпасть на долю вахтенного командира. Собственно, основное предназначение этого вида вахты в том и заключается, чтобы при внезапном столкновении с противником заменить командира корабля до его выхода на мостик.
Шилинский, надо отдать ему должное, сразу же начал командовать:
— Лево на борт! Прекратить зарядку батареи. Командиру — просьба выйти наверх!
Команды были поданы своевременно. Но что касается решения, вложенного в них, то его нельзя признать лучшим. Шилинский побоялся, что не успеет произвести срочное погружение, как лодка окажется протараненной, и потому начал надводное маневрирование. Между тем простой тактический расчет показывал, что погружаться можно и нужно. Времени для этого было достаточно. Вражеские корабли могли сблизиться с лодкой для тарана самое скорое через шесть-семь минут.