Голландцы бежали в беспорядке, за каждым зданием, каждой стеной их поджидала смерть. Лишь незначительная часть отряда, которую вел генерал Феттер, добралась до Ампенана.
Известие о разгроме голландского отряда на Ломбоке, захвате мятежниками обоза, четырех орудий явилось для голландцев страшным позором.
Малыгин понимал, что вскоре на острове появятся мощно вооруженные голландские отряды. День и ночь ломбокцы под его руководством строили укрепления, приводили в порядок брошенные голландцами орудия.
На этот раз к экспедиции на Ломбок голландцы готовились особенно тщательно. В походе против мятежников участвовали «4 батальона, эскадрон, 4 взвода артиллерии (полевой и горной), команда крепостной артиллерии, 4 мортиры — всего 108 офицеров, 2270 нижних чинов и 1800 каторжников из туземцев» (секретное послание в Тайную канцелярию МИД России от 1895 г., дело 65).
Сильные артиллерийские обстрелы, ожесточенные бои велись вокруг хорошо укрепленной крепости Чакранегары почти два месяца. «Сражались все, — сообщал в МИД России Бакунин. — Осажденные поклялись драться до последнего и уже готовили костры, на которых сожгут своих жен и детей, дабы они не попались живыми в руки голландцев...
Накопленные в течение веков сокровища, бесценные изделия ремесла и искусства, уникальные летописи и книги на пальмовых листах, составленные в одном экземпляре, попали в руки голландцев. Кроме того, они завладели сокровищами султана, зарытыми в землю, в числе до 400 кг золота и до 4200 кг серебра. Словом, успех был полный»,
Но человека, чья вина на весах колониальной Фемиды представлялась наиболее тяжкой, не было ни среди мертвых, ни среди раненых. Феттер отправил на его розыски солдат во все концы острова. Шли дни, но о Малыгине ничего не было слышно. Генерал удвоил объявленное за поимку «русского бандита» вознаграждение.
Малыгина предал советник раджи, бежавший вместе с ним. Он давно завидовал особому расположению раджи Агунга к иноземцу.
В январе 1895 года Малыгина в оковах доставили в Сурабайю, где должен был состояться суд. Это событие стало сенсацией не только для голландской прессы. Газеты многих стран запестрели статьями о «русском злодее, главном зачинщике восстания на острове Ломбок».
Следствие было путаным, велось долго. Даниельсон, помогавший Малыгину переправлять оружие, умер во время предварительного заключения в тюрьме. Холмса и Пейджа найти не удалось. Голландцы неоднократно спрашивали Малыгина: «Откуда вы получали такие большие суммы денег?» Ответ был всегда один и тот же: «Я их не украл». Описывается и как выглядел Малыгин: «Русский был одет в серый костюм, вел себя корректно, очень хорошо говорил по-английски. Он сильно похудел за время следствия и часто направлял письма к консулу Бакунину, жалуясь на ужасное с ним обращение в тюрьме».