После четырех месяцев следствия крайне истощенного Малыгина поместили в тюремный лазарет. Он едва передвигался, и его болезненное состояние не вызывало сомнений. Но на следующее утро охрана лазарета обнаружила в палате Малыгина сломанную решетку. Арестант сбежал. В голландских газетах того времени высказывалось предположение, что ему помогла бежать женщина, но имени ее не называлось.
Далеко уйти Малыгину не удалось. Его поймали, заковали в кандалы и до самого приговора держали в них.
Русский консул явно не желал быть причастным к делу своего соотечественника и потому неоднократные просьбы Малыгина игнорировал. Но не посмел ослушаться директора Департамента внутренний сношений МИД Остен-Сакена, который настойчиво «рекомендовал»: «Недурно, если бы русский представитель выказал участие к судьбе русского уроженца, какой бы он ни был... Ваш визит должен произвести некоторое впечатление на голландские власти, и он, быть может, не останется без последствий для судьбы Малыгина».
В ответ Бакунин сообщал: «...Быть может, моя поездка оказалась в конце концов вовсе не бесполезной: смертной казни Малыгин избегнул и приговорен к 20 годам заключения».
Напрасно Бакунин приписал себе лавры освободителя Малыгина. На самом деле, его истинным освободителем от смертной казни явился голландский адвокат ван Гроот. Из материалов, которые впоследствии голландские ученые переслали Е.И.Гневушевой, совершенно очевидно честное и благородное поведение ван Гроота. Основной акцент адвокат сделал на том, что Малыгин — иностранец, российский подданный, и потому судить его за государственную измену нельзя.
После суда российское правительство неоднократно обращалось к голландским властям с нотами о депортации Малыгина в Россию и отбытии им наказания на родине. Два года прошения упорно отклонялись. Все это время «Дело Малыгина» оставалось сенсацией для голландской прессы. В одном из голландских журналов я увидела фотографию Василия Малыгина. Даже не зная его истории, понимаешь, что это неординарная личность. Особенно поражал взгляд — острый и в то же время необычайно добрый и открытый.
Более 700 дней Малыгина держали в кандалах в переполненной зловонной камере в одной из самых ужасных тюрем в Сурабайе.
В августе 1898 года последовала амнистия по случаю совершеннолетия голландской королевы Вильгельмины. Только тогда благодаря настойчивым запросам российского правительства «злокозненного русского» амнистировали с условием, что он навсегда покинет Нидерландскую Ост-Индию. В тот же день его посадили на пароход, уплывавший в Порт-Саид. Оттуда Малыгина доставили, на другом пароходе, в Одессу, а затем — в его родное село Пашканы.