Многочисленные свидетельства немецких солдат и офицеров о боевых выступлениях партизан, которыми была так богата наша печать, не опровергают этот факт, а лишь говорят о деморализующем факторе партизанских действий, но не об ударном их значении.
Очевидным становится факт, что руководство НКВД сыграло негативную роль, сопротивляясь оперативному созданию штабов партизанского движения, отрицательно влияя в этом смысле на некоторых членов ГКО. Об этом еще будет идти речь. Здесь же заметим, что в записке НКВД, поданной Л.П.Берией И.В.Сталину, доказывалась нецелесообразность создания Центрального штаба партизанского движения. Мотивировалось это тем, что стихийные и разрозненные партизанские выступления якобы не могут быть охвачены руководством, да и вряд ли в нем нуждаются. Высказывались сомнения и в том, что партизанские диверсии могут дать оперативный эффект. Подчеркивалось, что подобные операции под силу лишь квалифицированным диверсантам, для подготовки и руководства которыми специальный штаб не нужен, утверждалось, что с подобного рода обязанностями НКВД справится самостоятельно. И эту линию тогда удалось провести. А когда в ноябре 1941 г. был все же создан Центральный штаб партизанского движения, Л.П.Берия вскоре под разными предлогами арестовал ряд его сотрудников. Вновь к созданию ЦШПД вернулись лишь в мае 1942 г.
В годы Великой Отечественной войны, отмечал В.Н.Андрианов, в силу неподготовленности органов госбезопасности к использованию партизанских форм борьбы было много трудностей и недостатков в области взаимодействия разведывательных сил за линией фронта. Например, к началу войны имелась инструкция о взаимоотношениях разведывательных органов НКГБ, погранвойск НКВД, НКО и НКВМФ, введенная в действие 29 апреля 1941 г. Она определяла порядок обмена разведывательными сведениями между разведорганами различных ведомств, порядок подготовки и организации переброски через границу агентуры, однако не предусматривала никакого взаимодействия в условиях военного времени.
В ходе войны эту задачу приходилось решать в тяжелых условиях ожесточенных оборонительных сражений и отхода войск в глубину страны. Органам госбезопасности при налаживании взаимодействия с партизанами в разведывательной работе в какой-то мере способствовало то обстоятельство, что до лета 1942г. на них возлагалось руководство оперативной и боевой деятельностью партизанских отрядов.
Многие грубые просчеты и ошибки явились следствием ошибочных действий Л.П.Берии и его окружения в аппарате руководства НКВД, продиктованных ведомственными интересами, стремлением обеспечить не только чекистское проникновение во все доступные сферы, но и линию влияния, если не руководства.