Так, на Украине в июле 1942 г. при выделении партизанских отрядов из системы органов внутренних дел вся агентура, действовавшая в тылу врага, и оперативный состав, работавший с этой агентурой, остались закрепленными за 4-м отделом НКВД республики. Карельский ШПД и руководимые им партизанские формирования тоже остались без агентурной сети и специалистов-разведчиков. Из 13 партизанских отрядов только в одном остался заместитель по разведке, да и то малоопытный, все остальные были отозваны в распоряжение НКВД республики. Ранее добытые через агентуру и разведгруппы данные о противнике также остались в НКВД КФССР. Карельский ШПД и партизанские силы республики были поставлены в тяжелое положение, их база разведывательной работы крайне сужена. Такой местнический подход не только мешал взаимодействию разведывательных сил, но и снижал результативность их работы. Много усилий потребовалось приложить партизанам Карелии, чтобы снова наладить разведывательную работу после «реформ», проведенных летом 1942 г.
Следует сказать, что, преодолев эти трудности, разведка карельских партизан только в 1943 г. получила возможность получать подробные данные о составе и группировке противника на мурманском, кандалакшском, кестеньгском, ухтинском, ребольском, медвежегорском и заонежском направлениях в бытность деятельности активного участника партизанского движения в Карелии Ю.В.Андропова (1914 – 1984).
Трудности в организации взаимодействия возникали и в связи с тем, что некоторые руководители органов госбезопасности, внутренних дел, находившиеся под влиянием Л.П.Берии, избегали контактов с партийными органами, разведотделами ШПД по вопросам разведработы в тылу врага. Такую позицию, например, занимал бывший нарком госбезопасности Белоруссии Л.Ф.Цанава. Он постоянно оказывал давление на подчиненных, требуя от них проведения «своей линии». Вместе с тем следует подчеркнуть, что подобные ситуации не были типичными. Подавляющая масса чекистов руководствовалась, прежде всего, интересами скорейшей победы над фашизмом.
Не все обстояло благополучно и в сфере взаимодействия между разведывательными силами партизан и армии. Даже в 1943 г. в планах разведотделов штабов фронтов часто не предусматривалось использование партизан. Так, летом 1943г., перед началом и в ходе наступления советских войск на Орловской дуге, разведотдел штаба Брянского фронта разрабатывал подробные планы разведки, в которых ни словом не упоминалось о привлечении к решению разведывательных задач партизан. А между тем на территории Орловской области действовала крупная, имевшая богатый боевой опыт группировка брянских партизан. Иногда разведотделы фронтов обращались в Главное разведуправление Генерального штаба Красной Армии по таким вопросам, которые успешно могли решать партизаны. В 1941 – 1942 гг. имело место необоснованное недоверие к агентурной разведке партизан.