На втором этапе восстания уже не возникали стихийно, а как бы сосредотачивались в определенных районах. Обозначились основные очаги повстанческого и партизанского движения. Борьба велась уже под определенными политическими (против власти) и патриотическими (против насилия иностранных захватчиков) лозунгами. Основная масса сельского населения (середняки) придерживалась нейтралитета.
Против белогвардейцев активно действовали только мелкие отряды, создавая в тылу белых дезорганизацию и напряженное положение. Борьбу с партизанами вели небольшие отряды войск, состоящие целиком из офицеров и казаков, отряды милиции и самоохраны. Крупных, серьезных операций против партизан не было, да и сами они не давали повода для такого рода действий.
Третий этап борьбы в тылу врага начался примерно со второй половины 1919 г. Он характеризовался расширением старых и появлением новых районов действий партизан-повстанцев, массовостью их выступлений и ростом активности.
Следует отметить, что у сибирских партизан не было опытных штабов и специалистов, которые были бы в состоянии с помощью агентурной разведки расшифровать планы противника, попытаться координировать действия с соседями, держать инициативу в своих руках и все время наносить врагу удары, срывая его планы. В Сибирь не было направлено из Советской Республики ни одного отряда или группы командиров Красной Армии, которые могли бы оказать сибирякам помощь. Между тем РВСР еще в апреле 1919 г. обязал Реввоенсовет Восточного фронта создавать партизанские отряды и направлять их в тыл противника.
Одним из основных применявшихся партизанами способов борьбы в тылу врага были так называемые «кочующие фронты». Суть их состояла в том, что на известных направлениях, по которым вели наступление войска противника, партизаны пытались преградить им путь. Широкие маневренные действия партизан на флангах встречались редко, как и окружение отдельных отрядов врага на марше, нанесение ударов с тыла с одновременной демонстрацией сил с фронта или на флангах и пр.
Определяющим здесь было то, что белогвардейские войска двигались колоннами, по рубежам, согласовывая свои действия по времени и направлению. Система марш-маневров белых и была причиной появления «кочующих фронтов».
Тактика партизан не отличалась разнообразием. Обычно, не сумев сковать противника и не выдержав его натиска, партизанский отряд уходил из-под ударов в сторону своей базы или же в сторону от намечающегося пути наступления противника.
Интересно прислушаться к выводам, которые были сделаны командующим войсками 5-й армии Восточного фронта, а в последующем – главнокомандующим вооруженными силами Дальневосточной республики Г.Х.Эйхе: «Военное руководство красных, видимо, недопонимало, что центр тяжести борьбы лежит не в пассивной обороне занимаемой территории (совершенно неоправданной и безуспешной. – Авт.), а в активных действиях, и что все усилия должны быть направлены на разгром и изгнание врагов. В этом основа всех просчетов восставших, в том числе переоценка своих сил и тактических условий местности и недооценка сил противника».