С 1921 года он состоял членом научно-технического совета Главного горного управления ВСНХ СССР и являлся ответственным консультантом крупнейших угольных трестов Союза — Донуголь, Югосталь, Кузбастрест. В работу по восстановлению и реконструкции горной промышленности страны Б.И. Бокий вложил весь свой опыт и знания. Б.И. Бокий обладал большим умением общения с людьми. Честный, энергичный, всесторонне образованный, находчивый и остроумный собеседник, очень требовательный, но в то же время всегда справедливый и сердечный, — таков нравственный облик Б.И. Бокия. В последние годы Б.И. Бокий всецело отдался научным исследованиям, значительно сократив количество читаемых им лекций в институте, В день двадцатилетнего юбилея научной деятельности Б.И. Бокию присвоено звание заслуженного профессора.
Многосторонняя и плодотворная деятельность Бориса Ивановича Бокия была прервана тяжёлой болезнью, развившейся на почве атеросклероза. Он скончался 54-х лет 13 марта 1927 года. В процессе работы в Горном институте Б.И. Бокий создал свой капитальный трёхтомный труд «Практический курс горного искусства», первое издание которого вышло в 1913 году. Этот курс был фундаментальной энциклопедией горного дела, радикально отличающейся от известных тогда аналитических работ, вышедших за границей.
Б.И. Бокий указывал в предисловии к своей книге, что иностранные курсы мало удовлетворяют требованиям, которые предъявляются к ним в России, так как отдел разведок и систем разработок, а также общая часть излагаются в них слишком кратко и бессистемно. Он говорил, что «иностранцы не имеют даже представления о тех громадных концессиях, которыми подчас владеют предприятия в России.
Само собой разумеется, что в Бельгии, например, где концессия в 300 десятин считается громадной, трудно развернуться во всю ширь, нет возможности даже обсудить все эти комбинации, которые могут иметь место при концессии в 20 тысяч десятин, а потому там берут то, что выработано десятилетиями практики, не подвергая критике применяющиеся способы эксплуатации и не имея даже на это ни времени, ни охоты, ни средств. Наоборот, наши рудники ещё настолько молоды, у нас ещё столько нетронутого места, что для предприимчивого энергичного инженера представляется широкое поле деятельности и полная возможность обсудить все возможные комбинации и выбрать наиболее рациональную систему разработки, место для рудника и т. д.». Эти слова Б.И. Бокия объясняют нам характер и значение основной его работы, которой он отдал свыше 20 лет жизни, — разработке аналитических методов проектирования горных предприятий.